Из сочинения Евхерия исследователи сделали вывод, что Иларий, скорее всего, стал жить близ Леринского монастыря. Епископское служение Гонората (ум. в 429 г.) оказалось недолгим. Предчувствуя кончину, он призвал Илария и других близких учеников в Арелат. Известие о тяжёлой болезни епископа вызвало волнения в городе: «К столь великому мужу (Гонорату) для принятия благословения стекалось множество именитых людей, они стали требовать ответа о преемнике блаженного Гонората». В послании Римского папы Целестина I, датированном 26 июля 429 г. (т.е. через полгода после смерти епископа), упоминалось о нестроениях в епископствах Галлии, в частности, в Арелатском, а также был затронут вопрос избрания преемника Гонората. Папа отрицательно отнёсся к практике поставления епископов из числа монахов, указав, что на кафедру может быть избран только пресвитер, прошедший в церкви все степени служения. Целестин указал, что «никто да не будет поставлен епископом к тем, кто его не желает. Следует искать согласия и обоюдного желания клира, народа и местных властей». Согласно Житию Илария Арелатского, Гонорат прилюдно указал на него как «на первосвященника, выделяющегося исключительными достоинствами». Иларий был огорчён решением наставника: желая вернуться к уединенному образу жизни, он не хотел принимать обязанности пастыря в таком важном городе, как Арелат. После погребения епископа Иларий тайно бежал из города. Однако жители Арелата начали поиски и, обнаружив Илария, вернулись в город через Аламаннское укрепление (castellum Alamannicum – как полагают исследователи, ныне Эмарг; укрепление находилось к западу от Арелата). В Аламаннском укреплении на голову Илария спустилась белая голубка. Он принял это как знак свыше и согласился стать епископом. Заняв кафедру, Иларий продолжил вести аскетический образ жизни. После рукоположения основал в Арелате монастырь и стал его первым настоятелем (обитель была известна как «Илариев монастырь»). Иларий взял за основу устав Леринской обители, однако, по мнению исследователей, под влиянием идей Иоанна Кассиана, смягчил его строгость. Так, ношение власяницы (cilicium) насельниками разрешалось при условии, что она не заметна для окружающих. В соответствии с предписаниями Иоанна Кассиана в монастыре Илария совершались те богослужения, которые обозначались термином «laus» – «хвала». По свидетельству агиографа, Иларий «заставил жизнь бурлить по пустынным установлениям». Обитель, насельники которой оказали значительное влияние на общественную жизнь города, находилась на окраине Арелата, на правом берегу реки Родан (ныне Рона), возле церкви мученика Генесия (на месте современной церкви Сен-Женес-де-ла-Колон). Гонорат Массилийский упоминал о том, что Иларий инициировал церковное строительство в епископстве.