После этих событий город заселили славянские племена (сербы), в IX в. титулярным архиепископом Сирмия стал Мефодий. В 406–418 гг. кафедру Салоны занимал епископ Исихий, упоминаемый в письмах Иоанна Златоуста и Августина Блаженного. При Исихии в Салоне была построена крупнейшая в Далмации базилика, о чём сохранилась надпись епископа. В 474 г. епископом Салоны стал бывший западно-римский император Гликерий. Римский папа Геласий I в 493 г. призывал местного епископа Гонория I принять меры против арианства среди готов. В это время Салона поддерживала тесные связи с Римом; епископ Стефан (510–527 гг.) был другом Дионисия Малого, который посвятил ему своё собрание канонов. При епископе Гонории II (527–547 гг.) в Салоне состоялись Соборы в 530 и 533 гг. На них был принят ряд дисциплинарных канонов, по которым исследователи могут судить о положении церкви Далмации в это время. Согласно актам Соборов, территория митрополии Салоны включала епархии Ядера (ныне Задар), Арбы (Раб), Эпидавра (Цавтат), Сисции (Сисак), Нароны, Бевтонии, Мартара (возможно, Мостар). Собор 533 г. принял решение об учреждении кафедр Муккоре (Макарска), Лура, Сарсентера. При епископе Гонории II Салона перешла под власть Византии, и действия епископов по борьбе с арианством стали успешнее. К этому же времени относятся первые упоминания о существовании в Далмации монастырей и принятии ими устава Венедикта Нурсийского. Прибрежные острова заселялись монахами-отшельниками (инсуляриями). Преемник Гонория II епископ Фортиниан был низложен в 554 г. по обвинению в несторианстве. При епископе Наталисе (около 580 – 592 гг.) начались конфликты с викарными епископами; папы Пелагий II и Григорий Великий поддерживали митрополита. Епископ Максим (около 598 – 610 гг.) был избран византийскими властями вопреки желанию папы, что привело к конфликту с Римом. Последний известный епископ Салоны Феодор погиб в 614 г., во время разорения города славянами и аварами. Жители Салоны переселились в Спалат, где кафедра продолжила существование, потеряв прежнее значение. Меньше всего исследователям известно об общинах в Винделиции и Норике. Присутствие здесь христианства с конца III в. подтверждается эпиграфикой. В IV–V вв. существовали епископские кафедры в Юваве (Зальцбург), Августе Винделиков (Аугсбург). Традиционно основателем общины Аугсбурга считается Дионисий, дядя мученицы Арфы (начало IV в.). В V в. в Норике подвизался св. Северин. Его Житие, написанное Евгиппием, содержит сведения о церковной жизни в Норике во второй половине V в. В 482 г. правитель Италии Одоакр эвакуировал всё христианское население Норика в Италию, церковных структур в юрисдикции Рима на этой территории не осталось.