В 1936 г. в статье «О богоустановленности советской власти» он выступил против точки зрения митрополита Виленского и Литовского Елевферия (Богоявленского) о необходимости признания советской власти на основании слов апостола Павла (Рим. 13:1–6). Митрополит Елевферий высказал эту точку зрения в связи с критикой воззрений и действий митрополита Антония (Храповицкого) и защитой образа действий митрополита Сергия (Страгородского) в работах «Неделя в Патриархии: Впечатления и наблюдения от поездки в Москву» (1933 г.) и «Мой ответ митрополиту Антонию (Храповицкому)» (1935 г.). И.А. Ильин отказывается понимать слова апостола Павла: «...Нет власти не от Бога; существующие же власти от Бога установлены» и т.д. – буквально-законнически, как заповедь повиноваться любым властям, в том числе «сатанинским». В полемике с митрополитом Елевферием участвовал игумен Иоанн (Шаховской; впоследствии архиепископ), занимавший промежуточную позицию. В книге «Путь духовного обновления» (1937 г.) И.А. Ильин указал пути выхода из духовного, политического, социально-экономического и культурного кризиса, охватившего современное человечество. Он выделил семь вечных основ духовного бытия человека, пребывающих в нераздельном единстве, без возрождения которых невозможен выход из кризиса: веру, любовь, свободу, совесть, семью, родину и нацию. Первые две основы – первичные, через них осмысливаются остальные формы духовной жизни. Так, свобода, согласно И.А. Ильину, есть «самостоятельная, самобытная, творческая любовь и вера», совесть «движется силою веры и любви», семья есть «первое лоно любви и веры», родина «постигается любовью и строится верою», национализм есть не что иное, как «любовь к своеобразной духовности своего народа и вера в его творческие богоданные силы». К берлинскому периоду относятся также книги, посвящённые христианской культуре и религиозной эстетике, – «Основы христианской культуры» (1937 г.), «Основы художества: О совершенном в искусстве» (1937 г.), «О тьме и просветлении: Книга художественной критики: Бунин – Ремизов – Шмелев» (1938 г., издано в 1959 г.). В 1938 г. гестапо наложило арест на печатные труды И.А. Ильина и запретило ему публичные выступления. Лишившись средств к существованию и находясь под постоянной угрозой ареста, И.А. Ильин вместе с женой в июле переехал в Швейцарию. Там он поселился в Цолликоне (пригород Цюриха). Не имея права на постоянную работу и политическую деятельность, в этот период сосредоточился на лекционных выступлениях (преимущественно в народных школах и унисерситетах, в различных культурных объединениях, в том числе в русско-швейцарском цюрихском кружке по изучению русской культуры и истории) и на литературном творчестве.