В 1935 г. произошёл разрыв с Николаем Александровичем Бердяевым, вызванный написанной под псевдонимом (Созанович П.) статьёй В.Н. Ильина «Идеологическое возвращенство: По поводу книги Н. Бердяева “Судьба человека в современном мире: (К пониманию нашей эпохи)”», которая представляла собой набор обвинений и упрёков в адрес друга и учителя в симпатии к большевизму и в левизне. Напряжённые отношения с коллегами привели не только к уходу В.Н. Ильина из Сергиевского института, но и к оставлению Константинопольской юрисдикции (в которой находился с 1931 г. митрополит Евлогий (Георгиевский) и практически все сотрудники института) и переходу в приход во имя Трёх святителей юрисдикции Московского патриархата. В 1941–1942 гг. В.Н. Ильин подолгу жил в Берлине, занимаясь в университетской библиотеке, общался с настоятелем православного прихода в юрисдикции митрополита Евлогия архимандритом Иоанном (Шаховским), а также с протоиереем Александром Киселёвым. Политические взгляды В.Н. Ильина в этот период связаны с идеей национально-консервативной революции, или контрреволюции. Перевороты Муссолини и Гитлера он рассматривал как контрреволюции, противостоявшие большевизму. В «Воспоминаниях» за 1943 г. писал: «В это время болезнь моя сильно подвинулась, и я с восторгом приветствовал право-фашистскую молодёжь, поднявшую эту, как мне казалось, истинную революцию, которая должна была принести не фиктивное, но подлинное освобождение трудящимся и по-настоящему сбросить цепи капитализма». В послевоенное время В.Н. Ильин читал лекции на апологетических курсах в церкви Московского патриархата, в Православном богословском институте св. Дионисия, созданном в 1947 г. протоиереем Евграфом Ковалевским (впоследствии епископ Иоанн-Нектарий), в Католическом университете, принимал активное участие в работе РСХД в качестве постоянного лектора в юношеских лагерях, в кружках, на съездах. С 1949 г. преподавал в Парижской консерватории, готовил рукопись по истории русской музыки, набор которой по неизвестным причинам был уничтожен, писал музыку (среди его произведений две оперы, написанные на либретто «Чёрной маски» Леонида Николаевича Андреева и «Страшной мести» Николая Васильевича Гоголя). В начале 1950 гг. В.Н. Ильин вернулся к публицистической деятельности, его имя нередко появляется на страницах «Вестника РСХД», «Нового журнала», «Возрождения». В журнале «Возрождение» с 1957 по 1971 гг. было напечатано более 70 его статей по истории философии, философии науки, эстетике, философии искусства, литературоведению, музыкознанию. Журнал имел репутацию одного из самых монархических изданий русской эмиграции, не случайно одна из статей В.Н. Ильина, опубликованных в нём, была посвящена памяти «Государя-мученика».