Елизавета I поручила ему надзор за общинами иностранцев (Stranger Churches), которые существовали в Лондоне со времён короля Эдуарда VI, предоставившего убежище и личное покровительство голландским и французским кальвинистам – жертвам религиозных гонений на континенте. Елизавета I требовала более жёсткого контроля за деятельностью иностранных протестантов в Лондоне и гарантий их лояльности к короне. Эдмунд Гриндал быстро нашёл общий язык с этими общинами, всячески помогая им с арендой помещений для богослужений и с получением разрешения для приглашения в Англию пасторов из-за границы. Кандидатуры пасторов он обсуждал в переписке непосредственно с Жаном Кальвином и Теодором Безой. Постепенно он пришёл к выводу, что Англиканская церковь нуждается в дальнейшем реформировании в кальвинистском духе. Пуританские воззрения Эдмунда Гриндала привели к тому, что он был переведён из Лондона и назначен архиепископом Йоркским (1570 г.), где его основной задачей стала борьба с влиянием католической церкви. В 1576 г. Эдмунд Гриндал становится архиепископом Кентерберийским и спустя некоторое время вступает в конфликт с королевой Елизаветой I по вопросу о новой манере проповеди, получившей название «упражнения» (exercises). Два священника (или мирянина) выбирали стих из Библии, а затем произносили проповеди, вступали в дискуссию друг с другом, отвечали на вопросы присутствовавших на собрании, которое завершалось общей молитвой. Такие «упражнения» собирали большое количество верующих, в том числе принадлежавших к разным деноминациям. Королева и Тайный совет выступили против «упражнений», заявив, что они незаконны, бесконтрольны и тем самым угрожают короне, и потребовали их запрета. 20 декабря 1576 г. Эдмунд Гриндал написал письмо, в котором отказался запретить «упражнения» и упрекнул королеву Елизавету I во вмешательстве во внутренние дела церкви, напомнив ей, что и она тоже «смертное существо», хотя и великая государыня. Королева отправила Эдмунда Гриндала под домашний арест, но сохранила за ним Кентерберийскую кафедру до его смерти.