Ранняя смерть Генриха (1197 г.) развязала руки врагам дома Гогенштауфенов, и они под руководством папы соединились для его унижения. Из братьев Генриха двое умерли раньше его (Фридрих V Швабский – в 1191 г., Конрад Франконский – в 1196 г.), а Оттон, пфальцграф Бургундский, держался вдали от интересов своего дома. Младший брат Генриха, Филипп Швабский, ввиду невозможности удержать корону за малолетним племянником сам по предложению большинства князей принял королевское достоинство (1198 г.). После продолжительной борьбы против соперника своего Оттона IV Брауншвейского, которого королём признал папа, Филипп пал от руки убийцы (1208 г.). Смерть Филиппа обеспечила за Оттоном на несколько лет единовластие; но когда он вздумал настойчиво заявлять свои права на авторитет в Италии, то папа Иннокентий III стал выдвигать молодого Фридриха, уже признанного королём Сицилии, отлучил Оттона от церкви и возбудил против него огромную партию в самой Германии, так что Фридрих и там был провозглашён королем. В начале его царствования всё способствовало, по мнению исследователей, дальнейшему возвеличению Гогенштауфенов. Владения угасшего Церингенского рода перешли в руки Фридриха. Наследственные швабские земли он также вернул себе и почти без всякого труда добился для своего сына Генриха избрания его наследником германской короны, а для себя – императорской короны в Риме. Но папа Григорий IX возобновил борьбу против возрастающего могущества императора. Иннокентий IV продолжал дело своего предшественника. Пока Фридрих II был жив, значение дома Гогенштауфенов ещё держалось; но после его смерти оно стало быстро клониться к упадку. Сын Фридриха Конрад IV (ум. в 1254 г.) встречал одинаково сильное противодействие и в Германии, и в Италии. Незаконный сын Фридриха Манфред, а затем и единственный сын Конрада, обычно называемый Конрадином, погибли в борьбе с Карлом Анжуйским (1266 и 1268 гг.). Из других потомков Гогенштауфенов сын Фридриха II, Энцио (или Генрих, король сардинский) в 1272 г. умер в Болонье в заключении; сыновья Манфреда умерли спустя много лет, тоже в тюрьме. Дочь Манфреда, Констанция, была в супружестве с Петром III Арагонским, который в 1282 г. завоевал Сицилию и отомстил за смерть Конрадина. Остатки владений семьи Гогенштауфенов были заложены ещё Конрадином; герцогское достоинство в Швабии и Франконии угасло, и только титул франконского герцога перешёл к вюрцбургскому епископу.