В 1133 г. буллой папы Иннокентия II Генуя, ранее подчинявшаяся архиепископу Миланскому, была возведена в ранг архиепископства. Для роста влияния католической церкви в Генуе, для строительства новых храмов в городе и в Лигурии в целом многое было сделано в период понтификата папы-генуэзца Иннокентия IV, который оказывал особое покровительство миноритам и основал несколько францисканских монастырей. Наиболее выдающимся архиепископом Генуи был доминиканец Иаков из Варацце (1292–1298 гг.), проповедник, ритор, составитель свода западноевропейской агиографии «Золотая легенда», хронист. В 1297 г. он передал республике феодальные права на земельные владения на Западной Ривьере. Церкви генуэзских факторий на Леванте и в Причерноморье в каноническом отношении не были подчинены архиепископу Генуи, однако генуэзское духовенство играло там заметную роль. Епископами Перы, Кафы, Солдайи (ныне Судак, Крым) и других факторий чаще всего были генуэзцы. Напротив, ряд епископств в Италии (Боббио, Альбенга, Ноли, Бруньято и др.) с XII–XIII вв. были суффраганами архиепископа Генуи. При губернаторе Бусико II по инициативе архиепископа Пилео де Марини (1400–1429 гг.) был организован Магистрат милосердия, занимавшийся благотворительностью и духовным просвещением. В XV–XVII вв. архиепископами Генуи были почти исключительно представители знатных семейств города (Саули, Имперьяле, Фьески, Спинола и др.). Усилилось влияние патрициата на дела церковного управления. В эпоху Контрреформации деятельность инквизиционных трибуналов в Генуе была направлена на борьбу с распространением в городе кальвинизма. Сталкиваясь с обмирщением и недостаточной богословской образованностью духовенства, вмешательством республики в дела архиепископства, архиепископ Генуи кардинал Стефано Дураццо (1635–1664 гг.) провёл реформу и ввёл специальный налог на устройство семинарии. В XVII–XVIII вв. увеличивается число и влияние религиозных братств, ставших важной формой как духовного просвещения, так и социально-экономической организации горожан. Распространение в Генуе получают янсенизм и идеи французского Просвещения. Республика прибегает к секуляризации имущества католической церкви. В конце XVIII в. к архиепископству Генуи были присоединены епископства Савоны, Ноли, Альбенги, Вентимильи, Тортоны. В Генуе действует храм Преображения РПЦ Московского патриархата. Старейшие архитектурные сооружения, сохранившиеся на территории Генуи, относятся к романской эпохе. Это – остатки комплекса укреплений 1155 г., построенных для защиты города от войск Фридриха Барбароссы, – Порта Сопрана и Порта деи Вакка, а также церкви базиликального типа Санта-Мария ди Кастелло (XI в.) и Сан-Донато (XI–XII вв.), в интерьеры которых включены римские колонны.