Торговое и политическое соперничество с Пизой, борьба за Корсику привели к серии войн между двумя морскими республиками в 1066–1290 гг. В 1126 г. генуэзцы нанесли пизанцам поражение и захватили Ливорно, Вольтерру и другие города. В 1162 г. пизанцы в Константинополе перебили генуэзцев, разграбили торговое подворье (фондако). В ответ генуэзцы захватили Пизанский порт и сожгли много судов противника. Столкновения шли также на Сардинии и Корсике. В 1284 г. генуэзский флот под командованием Оберто Дориа нанёс решительное поражение пизанским кораблям близ острова Мелория и взял в плен 9 тыс. человек и 29 галер пизанцев. В 1290 г. острова Корсика и Эльба перешли под власть Генуи. В 1139 г. Генуя стала чеканить собственную монету. В 1143 г. одной из первых в Италии приняла городской статут, а в 1162 г. получила диплом императора Фридриха I Барбароссы на владение побережьем Лигурии от Монако до Портовенере и обрела официальное признание в качестве республики. Соперничество семейств генуэзского патрициата привело к замене с 1191 г. (окончательно с 1217 г.) консулов институтом подестата. Подеста был независимым правителем и приглашался из другие города, в делах управления опирался на совет местных нобилей. В результате народного восстания 1257 г. управление городом было передано «капитану народа» (итал. сapitano del popolo). После 1270 г. власть получила диархия – «капитаны народа», избираемые из знатных гибеллинских семейств, были дополнены «аббатом народа», представлявшим интересы пополанов. В 1339 г. в результате восстания диархия была заменена институтом дожей, которые выбирались на пожизненный срок и опирались на совет старейшин. Мощный импульс для развития Генуя получила в 1261 г., заключив союзный Нимфейский договор с никейским императором Михаилом VIII Палеологом. После восстановления Византийской империи Генуя обрела права беспошлинной торговли на всей территории империи и свободный допуск в порты Причерноморья. Главным генуэзским форпостом в Византии стала Пера (Галата). Опираясь на соглашения с золотоордынскими правителями Крыма, в начале 1270 гг. Генуя основала факторию в Кафе (Феодосия), затем в Тане (Азов) и Трапезунде. После падения владений крестоносцев в Сирии и Палестине (1292 г.) гавани Причерноморья стали основными терминалами торговли Генуи с Востоком. Усиливалась роль Генуи и генуэзских факторий и во внутрирегиональной торговле Причерноморья и Византии, в частности, зерном, вином, рыбой, икрой, солью. В узловых пунктах торговли возникали новые фактории генуэзцев. Они находились под опекой и финансовым контролем созданного в 1313 г. ведомства Officium Gazariae (Газария – Крым и примыкающие к нему территории в низовьях рек Днестр, Днепр и в Западное Приазовье), с конца XIV – начала XV вв. – Officium Romaniae.