Константинопольский Синод оправдал Маргуния и настоял на примирении именитых богословов (1593 г.). Гавриил Севир скончался в монастыре св. Параскевы в Лесине (Далмация) во время одной из пастырских поездок; его останки были перевезены в Венецию и торжественно захоронены в соборе св. Георгия. После кончины Гавриила Севира остались богатая библиотека и собрание рукописей, из которых более 30 были приобретены библиотекой Амброзиана в Милане, а ещё 17 попали в Турин, где часть из них сгорела в 1904 г. Полемические труды Гавриила Севира отражают его твёрдую православную позицию, хотя и носят следы влияния схоластического западного богословия. Предметом нападок со стороны как католических, так и протестантских теологов была православная литургическая традиция; её систематическому описанию и разъяснению посвящён «Синтагматион о святых и священных Таинствах», изданный в Венеции в 1600 г. и неоднократно переиздававшийся. В трактате Гавриил Севир выделяет семь святых таинств (акцентируя символику этого числа), разъясняет их сущность, название, происхождение, «материю и форму», связанные с ними обряды и их цель; приводит многочисленные цитаты из Библии и святоотеческой литературы (в том числе Августина Блаженного), соборных постановлений и трудов византийских канонистов. Сочинение было широко известно как в православной, так и в католической среде. В 1623 г. в Дерманском Свято-Троицком монастыре близ Острога на Волыни был сделан перевод на украинский язык («просту мову») под названием «Синтагматион, или О святых седми тайнах церковных списание», выполненный, как предполагают исследователи, архидиаконом Киприаном из Острога. Церковнославянский перевод трактата напечатан в Москве в 1659 г. в качестве заключительной части «Скрижали духовной». Латинский перевод был выполнен Ришаром Симоном (1671 г.) и использовался католиками в полемике с кальвинистами. Богословскому содержанию отдельных аспектов православной литургической практики посвящён небольшой памфлет «Против утверждающих, что православные сыны Восточной Церкви дурно и противозаконно совершают почитание и поклонение Святым Дарам, когда поётся херувимская песнь и священник, неся их, возлагает на св. престол; а также о частицах, отрезаемых на св. дискосе; и о коливе и зёрнах, приносимых на праздники святых и за усопших православных», изданный в Венеции в 1604 г., латинский перевод опубликован вместе с предыдущим сочинением. Важнейшим полемическим трактатом является «Изложение против невежественно говорящих и беззаконно учащих, что мы, подлинные и православные чада Восточной Церкви, являемся схизматиками в отношении святой и кафолической Церкви», где обстоятельно опровергаются обвинения в «заблуждениях», предъявленные православным в сочинениях иезуитов Роберта Беллармино и Антонио Поссевино. Из трёх частей трактата, написанного около 1591 г., лишь первая была опубликована в Константинополе (1624? г.) вместе с трудами Мелетия Пигаса и Георгия Коресиоса. Полный текст есть в нескольких афонских рукописях XVII–XVIII вв. Среди учёных трудов Гавриила Севира – участие в подготовке восьмитомного собрания творений Иоанна Златоуста, изданного Г. Савиллом.