Уступки протестантам в Штирии вызвали беспокойство в папской курии: в Граце была создана специальная нунциатура (1580 г.). В западноавстрийских владениях эрцгерцога Фердинанда II Тирольского (1564–1595 гг.; Тироль и Форальберг) протестантизм не получил широкого распространения, чему способствовала как близость архиепископства Зальцбургского, оплота католицизма в регионе, так и приверженность католической вере местного крестьянства, представлявшего в Тироле важную политическую силу. В Чехии распространение лютеранства способствовало углублению кризиса умеренного утраквизма (признан Базельскими компактами, 1436 г.; см. Утраквисты) и расколу в общине чешских братьев. Фердинанд I стремился ослабить влияние протестантизма, помогая иезуитам в Чехии и возрождая Пражское архиепископство (1561 г.). Максимилиан II при избрании королём обещал уважать религиозную свободу чехов, однако впоследствии не подтвердил Базельских компактов и права на деятельность «чешских братьев». В Венгерском королевстве первые короли из династии Габсбургов проявляли веротерпимость, что объяснялось их уязвимыми позициями в стране, где Фердинанду I приходилось противостоять притязаниям антикороля Яноша Запойяи, а Максимилиану II – Яноша Жигмонда. Одновременно они должны были сдерживать усиливающийся натиск турок. В этих условиях Габсбурги проявляли сдержанность в религиозных вопросах, т.к. опасались, что венгерские сословия могут последовать примеру Трансильвании, перейдя под покровительство Османской империи. Перелом в религиозной политике Габсбургов произошёл в конце XVI в. в ходе наступления Контрреформации. Император Рудольф II (1576–1612 гг.) при поддержке мадридского двора и папского престола проводил политику преследования некатоликов. При императорском дворе в Праге, куда из Вены Рудольф перенёс резиденцию, сформировалась «испанская партия», состоявшая из представителей католической аристократии и испанских дипломатов. В 1584 г. император издал мандат против «чешских братьев», в 1602 г. подтвердил запрет деятельности общины. Часть дворянства и аристократии под нажимом властей вернулась к католичеству. Ключевые административные должности давались исключительно католикам. В Тироле эрцгерцогом Фердинандом II также были изданы указы против протестантов (первый в 1585 г.), которыми им предписывалось вернуться в католицизм или покинуть страну. Эрцгерцог Карл II Штирийский опирался на помощь иезуитов: в 1573 г. в Граце была основана иезуитская коллегия, а в 1585 г. – иезуитский университет. В 1580 г. Карл II отменил своё решение о свободе веры для жителей городов; к этому же времени относятся первые изгнания протестантов из его владений. Прежние уступки сохранились только для дворян. Лютеран обязывали вернуть имущество католической церкви. Высшие государственные должности могли занимать только католики.