Император требовал созыва Собора для проведения церковной реформы, полагая, что решить проблему религиозного раскола в Германии император может только вместе с Римским папой, сохранив при этом руководящую роль за собой. По его указанию при подготовке Аугсбургского рейхстага (1530 г.) теологи с обеих сторон сформулировали основные положения лютеранского и католического вероучений (соответственно Аугсбургское исповедание и «Конфутация»). Лютеране отвергли требование подчиниться папе до решений будущего Собора и заключили Шмалькальденский союз германских протестантов (1531 г.). В 1532 г. на ведение войны против турок потребовались деньги и войска, поэтому император снова пошёл на уступки протестантам и временно разрешил следовать Аугсбургскому исповеданию, которое, однако, распространялось только на лютеран. Габсбурги воспринимали улаживание религиозных разногласий, в первую очередь, как способ решения политических проблем. В инструкциях брату Фердинанду от 1536 г. Карл V отмечал, что углубление религиозного раскола создаёт серьёзную угрозу политическому положению императора в Германии. В письме от 1538 г. к младшей сестре Маргарите, наместнице Нидерландов, он подчёркивал необходимость идти на компромисс в религиозном вопросе, чтобы предотвратить окончательный раскол Германии, где уже началась секуляризация церковных княжеств, возникла опасность отпадения от католической веры даже Кёльнского архиепископства. Переход в лютеранство одного из трёх церковных курфюрстов изменил бы расстановку сил в коллегии, избиравшей императора, в пользу протестантов (к этому времени уже три светских курфюрста (Саксонский, Бранденбургский и Пфальцский) перешли в лютеранство). В 1541 г. султан Сулейман I захватил столицу Венгерского королевства Буду, что на короткое время объединило Габсбургов с немецкими протестантскими князьями, обещавшими поддержать поход против турок и освободить Буду. На Регенсбургском рейхстаге (1541 г.) император вновь был вынужден пойти на уступки лютеранам, которым он обещал прекратить судебные преследования и разрешил владеть церковным имуществом. Собор, созванный в 1545 г. в Тренто (см. Тридентский собор), на территории, подвластной Габсбургам, не решил вопроса о примирении католиков и протестантов. Стараясь избавиться от давления со стороны императора, папа в 1547 г. временно перенёс Собор в Болонью. Отсутствие единства с Папским престолом делало положение императора в Германии ещё более неустойчивым. Поэтому даже после победы над протестантами в Шмалькальденской войне (1546–1548 гг.) в религиозном вопросе он снова был вынужден пойти на компромисс. Окончательное поражение императора в религиозном вопросе зафиксировал Аугсбургский религиозный мир (1555 г.).