В 1418 г. он добился у папы Римского Мартина V разрешения реформировать бенедиктинские монастыри герцогства. Центром преобразований стал монастырь Мельк в Нижней Австрии, по которому сама реформа получила название «мелькской». Помимо оздоровления монашества Альбрехт V стремился увеличить зависимость церкви от герцогской власти, заменив церковных визитаторов светскими и назначая на важные церковные должности своих кандидатов. В 1423–1428 гг. он продолжил борьбу с епископом Пассау за выделение австрийских земель в самостоятельное епископство, но неудачно. Альбрехт V пытался ослабить в австрийских землях влияние гуситов, взяв на себя контроль за расследованием дел против них. В 1421 г. по распоряжению герцога все члены Венского университета должны были присягнуть, подтвердив свою приверженность католической церкви. Поскольку действия против гуситов требовали значительных усилий и денежных средств, герцог не останавливался перед преследованием евреев (в 1420 гг.), рассчитывая обратить конфискованное у них имущество на борьбу против еретиков. Император Фридрих III (1468–1493 гг.) продолжил политику создания «государственной Церкви». В 1469 г. ему удалось добиться учреждения в Австрии независимых от епископов Пассау епископств – Вены и Винер-Нойштадта. Он активно вмешивался в дела Римского престола: выступив на стороне папы Евгения IV, способствовал завершению Базельского собора (1431–1449 гг.) и преодолению церковного раскола. В результате брака сына Фридриха III Максимилиана (будущий император Максимилиан I, 1493–1519 гг.) с Марией Бургундской (1477 г.) к владениям Габсбургов были присоединены Нидерланды и графство Бургундия. Император Максимилиан I активно выступал за реализацию идеи общеевропейского Крестового похода против турок, поддержал созванный противниками папы Юлия II Собор в Пизе (1511 г.) и планировал, подкупив коллегию кардиналов, стать папой. Таким образом, Максимилиан I пытался реализовать идею совмещения двух высших должностей в западном христианском мире – императора и папы Римского. Однако эта попытка не увенчалась успехом. Сын Максимилиана I Филипп (1478–1506 гг.), женившись на испанской инфанте, стал королём Испании (Филипп I с 1504 г.). Сын Филиппа I Карл (1500–1558 гг.) унаследовал испанский престол (Карл I с 1516 г.), а в 1519 г. был избран императором Римско-Германской империи (Карл V). В XVI–XVII вв. отношения Габсбургов с католической церковью складывались под влиянием Реформации. Религиозные искания немецких реформаторов, скорее всего, не интересовали ни Карла, который родился, вырос и большую часть жизни провёл за пределами Германии, ни его младшего брата Фердинанда (1503–1564 гг.; с 1521 г. – наместник в Германии, с 1558 г. – император Фердинанд I).