В мае-июне 1941 г. была запрещена почти вся церковная пресса, включая теологические журналы. На захваченных и присоединённых к рейху землях нацисты перешли к практической отработке модели будущей антицерковной политики. Так, в образованной на северо-западе оккупированной Польши провинции Вартегау церковь как единая централизованная иерархически соподчинённая организация была упразднена. Допускалось только существование отдельных самоуправляемых религиозных обществ, которым запрещалось вступать в какие-либо отношения с церковными структурами в Германии. Церковные фонды и монастыри были распущены. Религиозные общества не могли иметь собственность (здания, земельные участки, кладбища и др.) вне культовых помещений, лишались права участвовать в благотворительной деятельности. Немцы и поляки не могли состоять в одних общинах. Акции в Вартегау маскировались заявлениями о необходимости проведения отделения церкви от государства, но фактически устанавливался тотальный государственный контроль над церковной деятельностью. К концу войны более 90% священников на территории провинции были арестованы, депортированы или убиты, 97% существовавших в сентябре 1939 г. храмов и все монастыри были закрыты. Во время войны с СССР нацистское руководство проявляло сдержанность и известную гибкость в религиозной политике. Секретный приказ Гитлера от 31 июля 1941 г. запрещал во время войны любые мероприятия против церкви в Германии, не допускал допросов епископов полицией без особого разрешения (такие запреты на практике часто не выполнялись). При этом продолжались преследования представителей духовенства всех конфессий. Были репрессированы руководители движения Исповедующая церковь Мартин Нимёллер, Карл Барт. 9 апреля 1945 г. в концлагере Флоссенбург был повешен теолог Дитрих Бонхёффер. В октябре 1941 г. был арестован, 22 марта 1942 г. осуждён и вскоре умер настоятель берлинской католической Хедвигскирхе Бернгард Лихтенберг, с ноября 1938 г. ежедневно публично молившийся «о евреях и всех несчастных узниках концлагерей». 17 апреля 1944 г. был казнён берлинский католический священник Макс Иозеф Мецгер. За годы войны было рассмотрено около 9 тыс. дел по обвинениям католиков в антигосударственной деятельности, казнено и замучено около 4 тыс. человек (не считая представителей других христианских конфессий). Только в «специализировавшемся» на духовенстве концлагере Дахау было заключено 2720 священников, из них 22 православных. Мученическую кончину в концентрационном лагере приняли священник Димитрий Клепинин (ум. в 1944 г.), иподиакон Георгий Скобцов (ум. в 1944 г.) и монахиня Мария (Скобцова; ум. в 1945 г.), канонизированные Константинопольской православной церковью в 2004 г. В отношении Русской православной церкви политика нацистов прошла ряд этапов. Во второй половине 1930 гг. нацисты стремились к включению всех русских приходов на территории Германии в юрисдикцию Русской православной церкви за границей (РПЦЗ). После начала войны с СССР планировался раскол Русской церкви на враждующие течения и одновременно использование в своих интересах стихийного религиозного возрождения на оккупированных территориях; после окончания войны предполагалось создание для народов Востояной Европы новой псевдорелигии. Первоначально нацистские ведомства не проявляли интереса к проблемам Русской церкви.