Политического влияния Г. Керрла не хватало для реализации этой программы, функционеры НСДАП чинили ему препятствия. В условиях подготовки к войне, когда Гитлер дистанцировался от антицерковных акций, борьба между Г. Керрлом и радикальным крылом НСДАП усилилась. Г. Керрл отстаивал модель лояльной централизованной государственной церкви; М. Борман выступал за отделение государства от церкви, её децентрализацию и раздробление на совершенно самостоятельные приходы, а в перспективе – за ликвидацию. В марте 1938 г. М. Борман при поддержке органов имперской безопасности дезавуировал деятельность Г. Керрла по созданию лояльной церкви, ограничив сферу его влияния «старым рейхом». После присоединения Австрии М. Борманом был разработан правовой статус церкви на свободной от конкордата территории Остмарка, существенно ограничивший права религиозных организаций. Однако, когда в мае 1939 г. М. Борман предпринял попытку распространить австрийские правила на землю Баден, Гитлер поддержал Г. Керрла. Правовой статус католической и лютеранской церквей на территории Германии в старых границах оставался неизменным до 1945 г. Тем не менее, позиции Г. Керрла слабели. Министр умер (по некоторым сведениям, был тайно убит гестапо) 14 декабря 1941 г., его должность оставалась вакантной вплоть до разгрома нацистской Германии. С 1939 г. в антицерковную борьбу активно включилось Главное управление имперской безопасности (РСХА). Вошедшее в его состав гестапо имело «церковный отдел», осуществлявший надзор за деятельностью религиозных организаций. Службы безопасности были нацелены на разрушение церковных структур, «атомизацию» конфессий и тотальный контроль за всеми проявлениями религиозной жизни. В соответствии с этим ставились практические задачи: негласное наблюдение за религиозными организациями, изучение настроений духовенства и верующих, внедрение агентуры в церковные административно-управленческие структуры, а также в церковные и общественные фонды и комитеты. Протестантская и католическая церкви подвергались всё большему давлению, многие монастыри, особенно в Австрии, были закрыты. Протесты священников против злоупотреблений властей квалифицировались как недопустимое вмешательство в сферу политики, и недовольные были репрессированы. 30 января 1939 г. Гитлер на заседании рейхстага заявил, что не может быть сострадания к преследуемым служителям церкви, т.к. они выражают интересы врагов германского государства. Накануне Второй мировой войны многие священники привлекались к суду как государственные изменники за призывы к молитвенному покаянию за прошлые, настоящие и будущие грехи своего народа. С началом Второй мировой войны Гитлер из прагматических соображений посчитал необходимым ослабить давление, запретив на время военных действий любые акции против католической и протестантской церквей. Эта политика продолжалась до осени 1940 г., когда положение христианских конфессий вновь заметно ухудшилось. Церковные здания конфисковывались для военных нужд, праздничные церемонии ограничивались, монастырские комплексы передавались государственным организациям. В соответствии с изданным в январе 1941 г. секретным приказом партийной канцелярии гаулейтеры конфисковывали монастырскую недвижимость: за полгода 120 монастырей превратились в дома отдыха для членов НСДАП. Сопротивление изгоняемых монахов было подавлено репрессиями: 418 священнослужителей отправили в концлагеря.