В 1942–1944 гг. Гродненская епархия включала 15 благочиннических округов: Белостокский, Бельский, Великоберестовицкий, Верховичский, Волковысский, Гайновский, Гродненский, Зельвенский, Каменецкий, Остринский, Пружанский, Росский, Семятичский, Сокольский, на данной территории действовало 166 приходов. В первых числах июля 1944 г. в кафедральный Покровский собор Гродно были перенесены мощи младенца Гавриила. В годы войны духовенство и паства епархии терпели притеснение с нескольких сторон: от немецких оккупантов, от советских партизан и от солдат польской Армии Крайовой. Деструктивной была также позиция по отношению к православной церкви созданной в октябре 1943 г. марионеточной Белорусской центральной рады. 7 июля 1944 г., незадолго до вступления Красной Армии в Западную Белоруссию, архиепископ Венедикт вместе с другими иерархами эмигрировал. С 1944 г., после восстановления в Белоруссии советской власти, репрессии против духовенства и церковных активистов со стороны властей приобрели массовый характер. 5 января 1946 г. в Гродно прибыл хиротонисанный в Москве 30 декабря 1945 г. епископ Варсонофий (Гриневич), который организовал в Гродно богословско-пастырские курсы, в 1947 г. в Жировичах открылась Минская духовная семинария. В 1946 г. в Гродненской епархии действовало 73 прихода, объединённые в девять благочиний, и два монастыря: Жировицкий с 28 монашествующими и гродненский Рождества Пресвятой Богородицы с 65 насельницами. Несмотря на то, что в конце 1940 гг. возобновилось богослужение в ряде православных храмов, власти запрещали крестные ходы, экспроприировалось церковное имущество, была закрыта гродненская Борисоглебская церковь, в 1948 г. переданная местному историко-археологическому музею. В 1951 г. под давлением властей Гродненская кафедра была упразднена, её приходы вошли в состав Минско-Белорусской епархии. В результате укрупнения Гродненской области в 1954 и 1960 гг. на её территории к февралю 1960 г. насчитывалось 197 действующих храмов. В ходе нового этапа гонений на церковь только в 1960 г. в Гродненской области было закрыто 53 храма, в том числе церковь архангела Михаила в Сынковичах и гродненский монастырь Рождества Пресвятой Богородицы. В 1985 г. в области действовало 73 церкви. В 1989–1992 гг. правящий архиерей Минско-Белорусской епархии Филарет (Вахромеев) имел титул «митрополит Минский и Гродненский, Патриарший Экзарх всея Белоруссии». В этот период началось возвращение верующим храмов, в том числе таких древних святынь, как Борисоглебская (Коложская) церковь, церковь Рождества Пресвятой Богородицы в Мурованке (Маломожейково), церковь архангела Михаила в Сынковичах. 18 февраля 1992 г. решением Священного Синода РПЦ в пределах Гродненской области Белоруссии была восстановлена Гродненская и Волковысская епархия, которую возглавил архиепископ Валентин (Мищук). В 1992 г. начались богослужения в гродненском монастыре Рождества Пресвятой Богородицы (14 декабря 2002 г. монастырь получил статус ставропигиального и переведён под управление митрополита Минского и Слуцкого, Патриаршего Экзарха всея Беларуси), возобновлено издание «Гродненских епархиальных ведомостей».