В 1895–1896 гг. проведена реставрация Борисоглебской (Коложской) церкви после обвала её южной и части западной стены в Неман (1853 г.), она действовала как часовня (Малая Коложа). Основную роль в деле фактического возвращения униатов в православие по замыслу властей должны были играть церковноприходские школы. В 1860 г. в Гродненской губернии действовало около сотни церковных школ, к 1867 г. их число выросло до 400. Активное создание школ в Гродненской губернии (как и в Северо-Западном крае в целом) приходится на 1880 гг., после принятия Святейшим Синодом и Министерством народного просвещения 13 июня 1884 г. «Правил о церковноприходских школах», согласно которым школы переходили в ведение епархиального управления и местного духовенства. Только за вторую половину 1884 г. в Гродненской губернии открылось 28 церковных школ. В 1889 г. в Гродно было создано отделение епархиального училищного совета. В 1895 г. при гродненском монастыре Рождества Пресвятой Богородицы начала работу певческая школа. В 1896 г. в Гродно построена Владимирская (Занеманская) церковь-школа. К концу XIX в. в Гродненской губернии действовало четыре православных монастыря и более 500 церквей, два католических монастыря и 90 костёлов, семь протестантских храмов, около 60 синагог, молитвенные дома; в Гродно – два православных монастыря и восемь церквей, два католических монастыря и пять костёлов, лютеранская кирха и несколько синагог (в том числе самая большая в Белоруссии). 28 декабря 1899 г. Святейший Синод принял решение на части территории Литовской епархии учредить самостоятельную Гродненскую и Брестскую епархию. Пределы новой епархии определялись границами Гродненской губернии, которая включала территории, совпадавшие с современной Гродненской и Брестской областями Белоруссии и Подлясским воеводством Польши (административный центр воеводства – Белосток). Первым Гродненским епископом стал Иоаким (Левицкий), бывший епископ Брестский. В начале своего существования епархия была разделена на 26 благочиний, имела 654 храма и часовни, в которых служили 365 иереев и 30 диаконов, пять монастырей с 42 монашествующими (гродненские во имя святых Бориса и Глеба и в честь Рождества Пресвятой Богородицы, жировицкий в честь Успения Пресвятой Богородицы, супрасльский в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, красностокский в честь Рождества Пресвятой Богородицы). В Гродно действовали православные храмы: кафедральный Софийский собор, Александро-Невский, Борисоглебский монастырский и Борисоглебский (Коложский), Рождества Пресвятой Богородицы в женском монастыре, Марфинский (кладбищенский), Владимирская церковь-школа, часовня на православном кладбище и семь домовых церквей. В 1900/1901 г. в Гродненской епархии существовало 1296 церковных школ (учительских и второклассных – 9, двухклассных – 6, одноклассных – 455, школ грамоты – 841). По благословению епископа Иоакима при Жировицком духовном училище (преобразовано из униатского в 1839 г.) начали работу ежегодные педагогические курсы для учителей церковноприходских школ. Ежегодно проводились регентские курсы (в Гродно), а также уездные курсы для учителей церковного пения и псаломщиков.