В начале 1785 г. между Россией и Польшей было достигнуто соглашение о восстановлении в пределах Речи Посполитой православной Переяславской и Бориспольской епископской кафедры в юрисдикции РПЦ, во главе которой указом императрицы Екатерины II от 27 марта 1785 г. был поставлен бывший Слуцкий архимандрит Виктор (Садковский), епископская хиротония которого состоялась 9 июня в киевском Софийском соборе; одновременно епископ Виктор стал коадъютором Киевского митрополита. В 1795 г., согласно условиям третьего раздела Речи Посполитой, Гродно и Волковыск с прилегающими землями вошли в состав Российской империи, в 1799 г. стали частью Минской и Литовской епархии. В образованной в 1801 г. Гродненской губернии православными были только три церкви и брестский монастырь во имя Симеона Столпника, в то же время в губернии действовало 559 костёлов. В 1807 г. запустевший гродненский фарный костёл после перестройки был освящён как православный Софийский собор, который стал кафедральным. В 1833 г. православная паства Гродненской губернии в связи с изменением границ епархий вошла в состав Минской и Гродненской, в 1840 г. – Литовской и Виленской епархии. В 1840 г. учреждено Брестское викариатство Литовской епархии, с 1848 г. местопребыванием викарного епископа стал гродненский Борисоглебский монастырь. В 1828 г. по указу императора Николая I униатские диоцезы в Российской империи были объединены в две епархии – Литовскую и Белорусскую. В состав Литовского диоцеза вошли Гродненская и Виленская губернии, Белостокская область и часть смежных земель. Епархиальное управление и епископская кафедра находились в Жировицком монастыре. Здесь же помещалась униатская духовная семинария, в ведении которой находилось несколько униатских духовных училищ. В XVIII в., особенно после Замойского собора 1720 г., униатская церковь на белорусских землях (в первую очередь, базилианские монастыри) подверглась активной латинизации и полонизации, в униатском богослужении были сильны элементы католического обряда, духовенство говорило по-польски, обучение в белорусских униатских и католических приходских школах велось тоже на польском языке. Воссоединение униатов, состоявшееся на Полоцком соборе в 1839 г., по замечанию Литовского митрополита Иосифа (Семашко), в Гродненской губернии увенчалось полным успехом, особенно среди белого духовенства. В начале 1863 г., согласно данным военного губернатора Северо-Западного края Владимира Ивановича Назимова, население Гродненской и Виленской губерний «почти наполовину принадлежит православной Церкви». В 1843 г. Богородичный монастырь базилианок в Гродно был преобразован в православный женский монастырь в честь Рождества Пресвятой Богородицы. В 1853 г. из Супрасля в Гродно переведено духовное училище (действовало до 1872 г.). В апреле 1864 г. был учреждён Временный комитет по сооружению православных церквей в Гродненской губернии (с 1868 г. – Гродненское губернское церковно-строительное присутствие). В 1864–1890 гг. в Гродненской губернии было построено 97 храмов, в частности, церковь во имя Сергия Радонежского в гродненском монастыре Рождества Пресвятой Богородицы (1866 г.), церковь во имя князя Александра Невского в Гродно (1870 г., разрушена в 1938 г.), отремонтированы 63 церкви.