Герасим вместе с соборными старцами Александром (Стукаловым) и Геннадием (Качаловым) возглавил оппозицию настоятелю и энергично добивался его смещения. Как полагают исследователи, ответной мерой архимандрита стало запрещение Герасиму в 1661–1663 гг. участвовать в заседаниях малого собора монастыря, в состав которого книжник входил, а также лишение его в 1665 г. звания соборного старца. В 1666 г. вместе с Александром (Стукаловым) Герасим написал обширную челобитную царю на архимандрита Варфоломея. Первый вариант текста был уничтожен сторонником архимандрита келарем Савватием (Обрютиным; фрагменты текста келарь послал находившемуся тогда в Москве настоятелю в качестве доказательства заговора). В конце мая 1666 г. Герасим по официальному вызову выехал в Москву на Большой Московский Собор. 1 июля предстал перед соборным судом. Стремясь во что бы то ни стало сместить с настоятельства в Соловецком монастыре Варфоломея и ради этого стараясь заручиться поддержкой Собора, Герасим покаялся в сопротивлении введению новопечатных книг, принял реформу, отказался от Трактата о двоеперстии и обещал написать его опровержение. Главным виновником старообрядческих настроений в обители он объявил настоятеля. 8 августа на Соборе был зачитан второй вариант челобитной соловецких монахов на архимандрита Варфоломея, привезённый в Москву Герасимом. Челобитная стала причиной смещения Варфоломея с должности, но не остановила насаждения богослужебной реформы в Соловецком монастыре. Ранее, 12 июля, несмотря на покаяние, Герасим был осуждён и сослан в Иосифов Волоколамский в честь Успения Пресвятой Богородицы мужской монастырь (дело Герасима в этом отношении было исключением – большинство покаявшихся в 1666 г. не были наказаны). 18 августа участники Собора запрашивали Герасима, пишет ли он обличение на свой трактат. Он отвечал, что ему не хватает для этого книг, что прежнее сочинение написано было «от Божественных писаний», и просил разрешения пользоваться книгами из библиотеки Иосифова Волоколамского монастыря. В сентябре 1667 г. Герасим тяжело заболел и вскоре скончался. Монастырские власти послали запрос в Москву, можно ли похоронить его в обители. Ответ был следующий: ещё раз спросить Герасима о покаянии, а если он уже умер, судить по его жизни в последние месяцы. Окончательное решение дела исследователям не известно. Герасим высоко оценивал значение «внешнего учения», резко противопоставляя «книжникам» «простецов», пренебрежительно писал о не владеющих книжной грамотой и потому не готовых к принятию «твёрдой пищи» знаний. Будучи противником никоновской реформы, он не отрицал необходимости исправления богослужебных книг и чинопоследований, которое, по его мнению, нужно проводить при опоре одновременно на русские и греческие традиции, не сообразуясь с политической конъюнктурой («злобой дня»).