В сохранившемся синодике XVII в. записаны роды духовенства и посадских Гороховца, Москвы, Суздаля, крестьян Гороховецкого, Балахнинского и Суздальского уездов, роды князей Волконских, Козловских, дворян Кавериных, Кучумовых, Наумовых, а также принявших православие татарских князей Армаметевых и Смаиловых. Указом Святейшего Синода 3 июля 1723 г. «малобратный» монастырь был приписан к Флорищевой пустыни Гороховецкого уезда. После учреждения Владимирской епархии в 1749 г. факт приписки подтвердил указ Владимирского епископа Платона (Петрункевича). До начала XX в. Гороховецкий монастырь являлся подворьем пустыни. В апреле-мае 1923 г. подворье было ликвидировано, имущество конфисковано, здания переданы в ведомство Губмузея, который пытался сдавать их в аренду частным лицам и организациям. В 1920 гг. в храме размещалась бумажная фабрика, а также совхоз под склад соломы. В 1030–1960 гг. здания монастыря арендовали совхозы «Комсомолец» и «Гороховецкий». В них размещались скотный двор и склады, предпринимались попытки разобрать храм на кирпич, в 1960 гг. была разрушена ограда. 26 ноября 1994 г. Гороховецкий монастырь был открыт как подворье-скит гороховецкого во имя Николая Чудотворца мужского монастыря. Указом Владимирского и Суздальского  архиепископа Евлогия (Смирнова) от 28 мая 1999 г. скит был обращён в женский монастырь. 6 октября 1995 г. Владимирский архиепископ Евлогий освятил придел во имя апостола Иоанна Богослова, 11 октября 2003 г. – восстановленный Знаменский собор. Отремонтирован келейный корпус конца XIX в. В соборе хранится ковчег с частицами мощей Елизаветы Фёдоровны, Германа Аляскинского и других святых. В монастыре есть небольшое хозяйство: коровы, свиньи, кролики. К концу 2005 г. в Гороховецком монастыре проживали около десяти насельниц, настоятельница – монахиня Раиса (Шибеко), богослужения совершал священник Феодор Закиров.