Археологические исследования 1980 гг. выявили существование боковых галерей. Церковь сложена из плинфы с включением некрупных валунов и большого количества кувшинов-голосников в интерьере. Фасады храма разделены на прясла лопатками, отвечающими расстановке столбов в интерьере, имеющими сложный трёхступенчатый профиль; северо-западный угол фасада отмечен более простыми лопатками с двойным уступом. Первоначальные окна не сохранились; следы разновременных оконных проёмов заметны на апсидах северной стены. Фасады декорированы каменными вставками и майоликовыми плитками бирюзово-зелёного, жёлтого, лилового, коричневого тонов, выложенными в форме крестов. В интерьере сохранившиеся северная и часть западной стены оформлены рядом ниш, расположенных как на плоскости пилястр, так и в простенках между ними; ниши находятся вверху внутренних стен центральной апсиды. Раскопки 1935 г. (Юзеф Йодковский) открыли синтрон в центральной апсиде. Полы Борисоглебской, как и Нижней церкви в Гродно, были выложены майоликовыми плитками (не сохранились, обнаружены поливные плитки жёлтого, коричневого, белого, чёрного цветов, неполивные красные плитки). Церковь неоднократно обновлялась: в 1500–1513 гг., после разрушения во время войны великого князя Московского Ивана III с польским королём Александром (в северной стене было устроено окно; храм украсили росписи, фрагменты которых сохранились в нишах северной стены и известны по рисункам художника Василия Васильевича Грязнова, 1860 гг.); в конце XVII в. церковь «вновь была возобновлена, хотя и не вполне». В начале XVIII в. не имела покрытия, но «только 4 стены». В 1845 г. храм был закрыт из-за угрозы обвала стен. В апреле 1853 г. вследствие оползня, вызванного разрушением берега Немана, обрушились южная и часть западной стены, в 1889 г. – южная апсида. В 1872 г. в уцелевшей алтарной части была устроена часовня, где в летнее время совершались богослужения. В 1895–1896 гг. под наблюдением губернского архитектора и инженера Н.Б. Романова были проведены консервационные работы с устройством в южной части храма лёгких деревянных стен, а также деревянной кровли. Учреждённая при Святейшем Синоде специальная комиссия (1904 г.) рассматривала вопрос о восстановлении церкви в первоначальном виде «с возведением недостающих частей по образцу существующих». Консервационно-ремонтные работы производились в 1910–1911 гг., когда были заложены ниши и портал северной стены, в 1935 и 1967–1970 гг. В 1906 г. по благословению Гродненского и Брестского  епископа Михаила (Ермакова) в Коложской церкви вновь был освящён престол во имя св. мучеников Бориса и Глеба, и возобновились богослужения. В советское время храм был закрыт, в 1948 г. передан историко-археологическому музею (с 1977 г. – филиал Республиканского музея истории религии и атеизма). В начале 1990 гг. возвращён РПЦ, возобновились богослужения, в 1996 г. установлен деревянный иконостас. Храм находится на учёте ЮНЕСКО, однако вопрос о спасении древнего памятника остаётся открытым.