В 1874 г. к монастырю были приписаны постройки и угодья закрытого Тороканского Богоявленского монастыря Кобринского уезда Гродненской губернии. После обвала правой части Борисоглебского храма (13 апреля 1853 г.) иконостас, ризница и утварь временно разместили в других зданиях монастыря, богослужения совершались в церкви, устроенной в настоятельских кельях. В 1854 г. при содействии Литовского митрополита Иосифа (Семашко), а также заботами викария Литовской епархии Брестского епископа Игнатия (Железовского) Гродненский монастырь был переведён в здания бывшего католического монастыря бернардинок в центре города, где была устроена и 3 ноября 1854 г. освящена церковь во имя Бориса и Глеба. В монастыре находились также домовая церковь во имя Митрофана Воронежского (1859 г.) и трапезная во имя Афанасия Брестского (1893 г.). В Борисоглебском храме почиталась икона Сергия Радонежского, подаренная московскими соборами и Троице-Сергиевой лаврой. Во вновь устроенную обитель была торжественно перенесена местночтимая древняя Коложская икона Божьей Матери («Одигитрия»), с неизвестного времени пребывавшая в Борисоглебском храме. Небольшого размера икона была писана на медной доске, помещённой в кипарисовую оправу. Серебряную с позолотой ризу украшали 14 камней граната («чешские камни»), на полях помещены чеканные ветхозаветные изображения. Лик Богородицы представлял, по свидетельству очевидцев, «умиленный, сердечно-сострадающий вид, какой едва ли на какой иконе можно встретить». Коложская икона Божьей Матери прославилась чудесами и привлекала в монастырь многочисленных паломников. К 2006 г. её местонахождение было неизвестно. После учреждения 28 декабря 1899 г. самостоятельной Гродненской и Брестской епархии в Гродненском монастыре находилась резиденция Гродненских архиереев, а на землях монастыря – епархиальный свечной завод (1901–1914 гг.). При Гродненском монастыре были открыты библиотека, приют для детей-сирот и церковноприходская школа, с 1907 г. – церковно-исторический музей. После начала Первой мировой войны, в 1915 г., братия вместе с Коложской иконой Божьей Матери была эвакуирована в Москву. В 1941 г. здания бывшего монастыря сгорели в результате бомбардировок германской авиации. Коложская церковь во имя Бориса и Глеба была построена в 1180 гг. на правом берегу реки Неман. Представляла собой прямоугольную в плане (13х25 м) крестово-купольную трёхапсидную постройку с шестью круглыми в плане столбами. Исследователи предполагают, что храм был увенчан одним куполом над средокрестием, имел позакомарное покрытие, три входа – с западной, северной и южной сторон; западная пара столбов поддерживала хоры, куда вела лестница в юго-западном углу храма. Внутри северной и южной стен боковых апсид вверху располагались лестницы на балконы, как полагают исследователи, имевшие оборонное значение и соединявшиеся с хорами (хоры и северный балкон реконструированы).