На рукописи «Шестоднева» Севериана Габальского есть надпись: «А писана книга сия с Герасимова Шестодневника». Герасим Поповка был помощником Геннадия при создании Геннадиевской Библии – первого в истории славянской кириллической письменности полного свода книг Ветхого и Нового Заветов. Владычный архидиакон, по-видимому, руководил переписчиками, составлявшими библейский кодекс и написавшими наиболее ранний известный список Библии (Исторический музей, 1499 г.). В выходной записи кодекса говорится, что он был составлен «во дворе архиепископле повелением архиепископля архидиякона инока Герасима». Запись на Геннадиевской Библии – последнее упоминание о Герасиме Поповке, относящееся к новгородскому периоду его жизни. Впоследствии он переехал в Москву, где стал игуменом Богоявленского монастыря. Это произошло после того, как прежний настоятель обители Трифон Дубина 14 июля 1499 г. был хиротонисан во епископа Сарского. В 1502/1503 г. «Герасим Поповка, игумен богоявленьскыи» дал вкладом в Пафнутиев Боровский в честь Рождества Пресвятой Богородицы мужской монастырь список «Ареопагитик», о чём говорится в приписке к книге. В конце XV – начале XVI вв. в связи с изменением устава Богоявленского монастыря на общежительный в обители была пристроена к собору трапезная на подклете, «имеющая весьма древний и редкий, восходящий к Грановитой палате Новгородского архиепископа план». Как полагают исследователи, Герасим Поповка был причастен к её возведению. Возможно, в качестве игумена столичного монастыря он принимал участие в Московском Соборе 1503 г., посвящённом вопросам о «вдовых попах», ставленнических пошлинах и о земельных владениях церкви. Павел Михайлович Строев и Яков Соломонович Лурье относили кончину Герасима Поповки к 1502/1503 г., основываясь на последнем упоминании его в источниках; во всяком случае, в 1506 г. богоявленским игуменом был уже Нил Грек. Впрочем, исследователи предположительно отождествляют Герасима Поповку с «Герасимом крылашенином», упоминаемым в купчей игумена Богоявленского монастыря Геннадия с «братьею» 1511/1512 г. среди старцев монастыря и названным третьим после игумена и старца князя Василия Васильевича Ромодановского.