Обширная библиография, главным образом, на немецком и латинском, а также на французском и английском языках, была ценным подспорьем для изучения европейской философии. «История философских систем г-на Галича, – писал Николай Алексеевич Полевой, – всегда останется памятником труда прекрасного». Однако успешная карьера А.И. Галича в Санкт-Петербургском университете была прервана, когда в 1821 г. он вместе с тремя профессорами стал жертвой начавшегося по инициативе Дмитрия Павловича Рунича и Михаила Леонтьевича Магницкого расследования по искоренению учений, противных христианству и опасных для общественного порядка. Основанием для обвинений А.И. Галича стала его книга «История философских систем», а также записи студентов, в которых якобы содержались «начала, противные вере и властям, установленным от Бога». Книга А.И. Галича была хорошо известна и получила положительные отклики, что же касается записей, то, как это было выяснено Захаром Абрамовичем Каменским, сличавшим конспекты студентов с курсом лекций по метафизике Ф.С. Карпе, по которому обязан был читать А.И. Галич, расхождений между ними не было. Во время обсуждения дела на А.И. Галича оказывалось моральное давление, и раздавались угрозы в его адрес. На вопросы, среди которых был и такой: почему он даёт «открытое предпочтение философии Шеллинга, противной учению божественного откровения?», – А.И. Галич не отвечал. Он написал «записку»: «Сознавая невозможность отвергнуть или опровергнуть предложенные мне вопросные пункты, прошу не помянуть грехов юности и неведения. Галич», которая была истолкована Д.П. Руничем как чистосердечное раскаяние. В растянувшемся на два царствования деле «профессоров Петербургского университета», в которое оказались вовлечены студенты, профессора, комитет министров, великий князь Николай Павлович и император Александр I, суждение высшей власти оказалось иным, нежели его инициаторов; в 1822 г. было решено до окончания «дела» не увольнять А.И. Галича из университета, выплачивать ему жалованье экстраординарного профессора и сохранить казённую квартиру; вместе с тем он фактически был отстранён от преподавания в университете и приобрёл репутацию «опального профессора». Какое-то время А.И. Галич читал лекции по философии Ф.В.Й. фон Шеллинга на квартире; он предложил поручить ему создание новой кафедры (древностей и истории изящного), но это предложение, обсуждавшееся в течение многих лет в разных инстанциях, было отклонено. В 1825 г. не без трудностей вышла книга А.И. Галича «Опыт науки изящного», вызывающая до настоящего времени разноречивые мнения и вопросы, касающиеся как содержания, так и её самостоятельности; последнее обстоятельство обусловлено сходством ряда основных идей книги с идеями «Философии искусства» Ф.В.Й. фон Шеллинга, которая была опубликована в 1859 г. Положенные в её основу лекции были прочитаны Ф.В.Й. фон Шеллингом в 1798–1799 и 1802 гг. и «были известны в России».