Весной 1948 г., после того как еврейские военизированные отряды Хаганы изгнали арабское население из селения Айн-Карем, около ста монахинь покинули Горненский монастырь. Вернулись в обитель не все. Возникшее в мае 1948 г. государство Израиль передало оказавшиеся на его территории русские храмы и участки, в том числе Горненский монастырь, советскому правительству. Горненский монастырь вошёл в юрисдикцию Московской патриархии. Монахини, не пожелавшие вернуться в юрисдикцию Московского патриархата, остались в Елеонском монастыре. В сентябре 1948 г. Священный Синод назначил начальником восстановленной РДМ в Иерусалиме архимандрита Леонида (Лобачёва). В состав миссии вместе с ним вошёл священник Владимир Елховский. 5 декабря 1948 г. они совершили первую торжественную службу в Горненском монастыре, к ним присоединился духовник Горненского монастыря иеромонах Исаия. Архимандрит Леонид писал, что «обитель приготовилась к службе, как к великому празднику. Во время литургии прибыло наше посольство, представители государства Израиль, представители командования (израильской) армии, фотографы, журналисты». В монастыре, по списку архимандрита Леонида, оставалось в это время 59 сестёр, 46 из них старше 60 лет. Схимнице Мефодии (Овсянниковой) было 110 лет, схимнице Синклитикии (Куликовой) – 115. Материальное положение обители оставалось тяжёлым, денежное обеспечение РДМ было недостаточным. Архимандрит Леонид сообщал, что «с хозяйством переходят к нам и люди русские, которых необходимо и обязательно материально содержать… На присланные 4 тыс. долларов приобретаем предметы первой необходимости, содержим общую трапезу, производим неотложный ремонт. Двести долларов выделили Горненскому монастырю. Сейчас средств нет, и на наши телеграммы Святейшему ответа не имеем. Вынуждены просить ссуду у Израиля». В августе 1955 г. в Горненский монастырь прибыла первая группа монахинь из СССР, с тех пор состав обители пополнялся регулярно сёстрами, прибывавшими на послушание из России. После кончины игуменьи Антонины обитель возглавляли игуменьи: в 1950–1955 гг. Афанасия (Лысенкова; 1888–1972 гг.), в 1956–1960 гг. Михаила (М.М. Корчагина; 1891–1970 гг.), в 1960–1966 гг. Тавифа II (С.И. Дмитрук; 1897–1972 гг.), прибывшая из Рижского Троице-Сергиева монастыря, в 1966–1982 гг. Софрония (А.В. Ребрий), в 1983–1986 гг. Феодора (Н.В. Пилипчук). Затем обязанности игуменьи исполняли благочинные Екатерина (А.Д. Сорокина), Елена (А.С. Лошкарёва) и Гавриила (М. Глухова). В 1987 г. был освящён пещерный храм в честь Рождества Иоанна Предтечи. Он вплотную примыкает к территории францисканского монастыря Магнификат, которому принадлежит большая часть естественной пещеры, где находился дом праведных Захарии и Елисаветы. 30 января 1991 г. игуменьей Горненского монастыря назначена насельница Пюхтицкого монастыря монахиня Георгия (В.А. Щукина). В её настоятельство были выполнены большие работы по благоустройству обители и храмостроительству, упорядочены хранящиеся в монастыре архив и библиотека (в основе которой лежит уникальное книжное собрание архимандрита Антонина).