Подробная опись церкви и её ризницы была составлена 30 марта 1894 г., после смерти архимандрита Антонина. Двадцать лет спустя в отчёте М.Я. Дьяконова (1914 г.) о церкви сказано: «Иконостас двухъярусный с иконами хорошего письма. Утварь и ризница церкви не богаты и не обильны. Церковь содержится в порядке, но признана в настоящее время малопоместительною в период паломнического движения». Будущий монастырь обстраивался постепенно. В акте об учреждении вакуфа от 12 сентября 1889 г. отмечено 14 домиков-келлий, в документах 1894 г. названо кроме домов для ризницы и для трапезной два дома для приёма паломников, а также шесть казённых (т.е. уже перешедших в собственность общины) и 30 частных домиков (по несколько комнат в каждом), в которых проживали более 80 человек. Материальное благосостояние ещё не утверждённой общины зависело от добровольных пожертвований паломников. В годы, когда их число было незначительно, Императорское Православное Палестинское общество (ИППО) оказывало архимандриту Антонину финансовую помощь (по 2 тыс. франков было перечислено для Горненской общины в 1891 и 1892 гг.). Каноническое оформление Горненской общины произошло при преемнике архимандрита Антонина, новом начальнике Русской духовной миссии (РДМ) архимандрите Рафаиле (Трухине). Летом 1897 г. по совету секретаря Императорского Православного Палестинского общества (ИППО) Василия Николаевича Хитрово начальник миссии ввёл в общине общую трапезу, на что от ИППО было обещано по 10 тыс. франков ежегодно. В дисциплинарных целях были проведены выборы «старшей сестры» (ею стала матушка Рахиль), что вызвало нестроения в общине, для пресечения которых потребовалось вмешательство генерального консула в Иерусалиме Александра Гавриловича Яковлева. Он ходатайствовал перед Константином Петровичем Победоносцевым об утверждении составленных им для общины правил. С некоторыми изменениями эти правила получили утверждение в постановлении Святейшего Синода от 24 июля 1898 г. (эта дата считается временем основания монастыря). Община управлялась старшей сестрой, в 1898–1918 гг. монахиней Валентиной, награждённой наперсным крестом 4 декабря 1912 г. Продолжателем трудов архимандрита Антонина по расширению и благоустройству обители стал назначенный в 1903 г. начальником Русской духовной миссии (РДМ) архимандрит Леонид (Сенцов). При нём в Горненском монастыре были «возведены, в виду увеличения количества монашествующих, 24 домика-келлии для жительства сестёр обители; построены новая гостиница на 200 паломников, трапезная, коровник, маслобойня, птичник, пчельник, рукодельная; вновь устроено и расширено восемь цистерн для воды, а также сделаны другие хозяйственные постройки». В 1903 г. в обители были созданы иконописная и золотошвейная мастерские, в Казанском храме сохранились иконы, написанные сёстрами или шитые ими жемчугом и бисером. В 1910 г. начато строительство большого собора во имя Живоначальной Троицы, прерванное после 1914 г.