Общая площадь территории Горненского монастыря составляла (по описям 1895 и 1949 гг.) 360 тыс. кв. м. При строительстве госпиталя Хадасса (открыт в 1961 г.) и подъездной дороги к нему значительная территория в верхней части монастырских владений отошла в муниципальное пользование. В настоящее время площадь Горненского монастыря составляет 228 тыс. кв. м. Архимандрит Антонин задумал создать здесь монашескую общину, не связанную жёстко общежительным уставом, приспособленную к молитвенной и книжно-созерцательной жизни образованных отшельниц – каждая в своём отдельном, уединённом домике-келлии «без игумении, без казначеи, без благочинных и тому подобных формальностей». Для будущей общины необходим был храм. Во избежание трений с Иерусалимской патриархией решено было основать в Айн-Кареме «русско-арабский» храм, как бы приходский для местных православных арабов, расположенный для удобства в пределах русского участка. Временная домовая церковь была открыта в Горненском монастыре в 1880 г. с благословения Иерусалимского патриарха Иерофея, который по просьбе архимандрита Антонина прислал служить в ней священника-араба. До зимы храм располагался по-походному, в палатке в саду, а затем был перемещён в находившийся на участке двухэтажный дом Русской духовной миссии (РДМ). Одна из горненских «первопоселенок», матушка Леонида, отправилась в Россию для сбора пожертвований на строительство каменной церкви. 16 июня 1880 г. архимандрит Антонин выбрал место для постройки храма на нижней террасе крутого склона. Начатое строительство вызвало противодействие со стороны соседей-францисканцев. Кустод Святой земли, благожелательно отнесшийся к действиям архимандрита Антонина, был смещён. В апреле 1881 г. иерусалимский губернатор Реуф-паша потребовал, чтобы до получения султанского фирмана строительство было прекращено. На заявление Иерусалимского патриарха Иерофея Святейшему Синоду, что архимандрит Антонин «поступает невыносимо и окончательно истощил наше терпение», митрополит Исидор (Никольский), первенствующий член Святейшего Синода, в ответном послании подчеркнул, что храмы строятся архимандритом Антонином на участках, пользующихся экстерриториальностью, и заверил, что благословение на их освящение будет в своё время испрошено у патриарха. В течение двух строительных сезонов (1880–1881 гг.) артель под руководством Илиаса Джирьеса возвела за 300 наполеондоров (1,5 тыс. руб. серебром) небольшое здание церкви, план которой был начерчен архимандритом Антонином. Отдельно, чуть выше по склону, была построена высокая колокольня, также по проекту архимандрита Антонина. Монахиня Леонида в России заказала иконостас и приобрела плащаницу, сосуды, иконы и прочую церковную утварь. Колокол в 41,5 пуда был подарен Ф.Н. Самойловым. Тот же благотворитель, по свидетельству архимандрита Антонина, пожертвовал 2 тыс. руб., а затем прислал ризу на икону Божьей Матери «ценой в 2400 золотых». 14 февраля 1883 г., спешно дописав для прибывшего из России иконостаса лик Спасителя в терновом венце («произведение собственной усердной, но недостаточно искусной в художестве кисти»), архимандрит Антонин совершил малое освящение воздвигнутого храма в честь Казанской иконы Божьей Матери.