Грюневальд был близок к влиятельным политическим и религиозным кругам, исследователи не исключают его знакомство с Филиппом Меланхтоном. В первом точно датированном и достоверно приписываемом Грюневальду произведении – «Алтаре 14 Заступников» (1503 г., церковь архангела Михаила, Линденхардт, и частное собрание Шефера, Швайнфурт) – преобладает характерное для немецкого искусства XV–XVI вв. орнаментальное начало: множество как бы наслаивающихся друг на друга фигур образуют декоративную композицию. Приём повторяется в картине «Поругание Христа» (около 1504–1506 гг., Старая пинакотека, Мюнхен), где, однако, диссонансы красочных пятен и динамика ракурсов усложняют пространственную структуру и создают эффект непосредственного присутствия. Часто убедительность образа достигается за счёт искажения пропорций человеческого тела и предельного натурализма в трактовке физического страдания, особенно в иконографии «Распятия», где ритмически неоднородное, словно пульсирующее, пространство образуется благодаря тому, что фигуры первого плана воспринимаются наложенными на абстрактный фон (например, «Распятие» около 1505/1506 г., Публичное художественное собрание, Базель). Около 1509–1510 гг. по заказу франкфуртского советника Якоба Геллера Грюневальд дополнил написанный А. Дюрером алтарь «Вознесение Марии» («Алтарь Геллера») четырьмя створками с изображениями святых Лаврентия, Кириака (оба в Историческом музее, Франкфурт-на-Майне), Елисаветы и неизвестной святой (св. Отилии?; оба в Государственном художественном собрании (Кунстхалле), Карлсруэ). Следуя заданному композиционному принципу, Грюневальд поместил выполненные в технике гризайль фигуры на тёмном фоне, однако образы святых с характерными лицами трактованы иначе, чем у А. Дюрера, который ориентировался на живопись итальянского Возрождения. Грюневальду чуждо ренессансное понимание освещения как вспомогательного средства при моделировке объёма; он придавал свету статус метафизического начала, не столько выявляющего, сколько нейтрализующего и преобразующего материю. Контрасты света и тени, создаваемые складками одежды, хотя и формируют пластически убедительную форму, но сохраняют собственную динамику, создавая впечатление принадлежности святых иному бытию. В 1512–1515 гг. Грюневальд работал над ставшим самым знаменитым произведением – многостворчатым алтарём (музей Унтерлинден, Кольмар) для церкви монастыря ордена антонитов в Изенхайме, где размещался один из крупнейших госпиталей XVI в.