Ближайший ученик Филарета (Данилевского), Герман неукоснительно соблюдал в Святогорской пустыни устав Глинской обители, сочетал в служении хозяйственные заботы с пастырской мудростью. При нём были построены Успенский собор, двухэтажная Преображенская церковь, трапезная Богородице-Рождественская церковь, в память о первом настоятеле архимандрите Арсении в пещерах ископана церковь во имя Алексия, человека Божия, устроены больничный хутор с корпусами и домовой церковью в честь Ахтырской иконы Божьей Матери (1865 г.), скит Арсения Великого, богослужение в котором совершалось по уставу скитов Афона, подсобные хозяйства с храмами в слободе Маяки и деревне Горожевке, подворья в городе Славянске и близ города Изюма. В 1889 г. по инициативе Германа близ станции Борки (на месте спасения царской семьи при крушении поезда 17 октября 1888 г.) был основан Спасский скит с Введенской церковью. Его попечением в 15 км от монастыря, в селе Голая Долина, открыто училище для крестьянских детей. С 1863 г. Герман служил также благочинным монастырей Харьковской епархии, участвовал в устроении Высочиновского Казанского мужского монастыря в Змиёвском уезде, Рясненского Димитриевского мужского монастыря в Ахтырском уезде, старобельского Луганского женского монастыря, посещал монастырь и переписывался с его игуменьями Ангелиной и Маргаритой. Герман пользовался наставлениями Исаакия I (Антимонова) и переписывался с ним и другими оптинскими и глинскими старцами, а также с епископом Германом (Осецким). Особо почитал святителей Тихона Задонского и Митрофана Воронежского. В мае 1863 г. Герман заболел, исцелился, приложившись к мощам святителей в Воронеже и Задонске и возложив на плечи мантию святителя Митрофана. 18 ноября 1867 г. накануне кончины Филарета (Дроздова) посетил его на московском Троицком подворье и получил его благословение. Участвовал в погребении Филарета. Герман был награждён орденами св. Анны первой, второй и третьей степени (1865, 1869, 1890 гг.), св. Владимира четвёртой степени (1880 г.). Последнюю награду архимандрита, орден св. Анны первой степени, привёз Харьковский архиепископ Амвросий (Ключарёв) в апреле 1890 г., уже после кончины Германа. 18 апреля был погребён у входа в больничную Ахтырскую церковь Святогорского монастыря. В соответствии с завещанием над его могилой находилась келейная Ахтырская икона Божьей Матери, которой Германа благословил епископ Макарий (Булгаков) при посвящении во игумена. Впоследствии над захоронением была устроена часовня. Общавшийся с Германом более 20 лет А.Ф. Ковалевский (1840–1901 гг.) собрал материалы и в 1894 г. опубликовал первое его жизнеописание. После 1917 г., по свидетельству очевидцев, склеп с Германом был разграблен и осквернён сотрудниками милиции, большая часть останков архимандрита перезахоронена у ограды Ахтырского хутора (к началу 2006 г. не обнаружены). В 1995 г. братией возобновлённой Святогорской обители был восстановлен склеп, найденная при этом малая часть останков и облачения Германа положена в ковчежец, который хранится в покоях настоятеля. Около 2000 г. по сохранившимся фотографиям был выполнен на холсте живописный портрет Германа, также находящийся в покоях настоятеля. При въезде в Святогорскую лавру поставлено скульптурное изображение Божьей Матери в память о Её чудесном явлении архимандриту перед настоятельским служением.