Во время Второй мировой войны усташи-хорваты осуществляли геноцид на территории епархии. Они принуждали епископа Савву (Трлаича; 1938–1941 гг.) переехать в Белград, но он остался вместе со своей паствой, был арестован и мученически погиб в концлагере в городе Госпиче. От рук усташей погибло 72 священника, уничтожено 116 храмов, 39 сильно пострадало, разрушены две капеллы и 84 приходских дома. Было полностью уничтожено 154 церковных архива, 13 – разграблено. Из 171 церковной библиотеки 154 уничтожено и 17 разграблено. Из полумиллиона верующих в живых осталось меньше половины. После окончания Второй мировой войны епископ Никанор (Иличич; 1947–1951 гг.) пытался возобновить церковную жизнь епархии и пополнить кадры, но оставшиеся храмы до середины 1950 гг. разрушались новыми властями, а священнослужители претерпевали гонения. При вступлении на кафедру епископа Симеона (Злоковича; 1951–1990 гг.) Горно-Карловацкая епархия находилась в разрухе, не было епископского двора, богослужения можно было совершать лишь в 20 храмах, в клире епархии было всего 14 священников. К 1986 г. благодаря его трудам существовало 142 прихода и около 50 священников окормляли верующих. Епархия делилась на пять наместничеств: Глинское, Карловацкое, Ликское, Плашкинское и Костайницко-Дворское. В 1991–1999 гг. на кафедре был епископ Никанор (Богунович). Горно-Карловацкая епархия сильно пострадала во время военных действий 1991–1995 гг. Было разрушено около 30 и сильно пострадало около 45 православных церквей. Взорвано 8 и пострадало 14 приходских домов. Разрушено много церковных кладбищ. Кафедральный собор святителя Николая (1785–1787 гг.) в Карловаце в православное Рождество 1992 г. был взорван усташами, а епископский двор в католическое Рождество 1993 г. подвергся артобстрелу, а потом был взорван. Из церкви св. архангелов Михаила и Гавриила в Костайнице выкрали мощи св. Феодора Комоговинского. Большинство сербского населения было изгнано с территории епархии, большинство храмов и часовен было заброшено. При епископе Фотии (Сладоевиче, 2000–2004 гг.) и епископе Герасиме начался процесс постепенного восстановления церковной жизни. В 1999 г. был восстановлен как женский монастырь Гомирье. Однако изгнанное сербское население не имеет возможности вернуться в родные края, поэтому исследователи говорят о кардинальном изменении соотношения православного и католического населения на этой территории, где, по данным Совета национальных меньшинств на 2005 г., проживало всего около 70 тыс. православных. В начале 2006 г. в епархии действовало 25 приходов, служил 21 священник, расположен монастырь с пятью насельниками (четыре монахини и один монах).