25 апреля 1742 г. на кафедру Горно-Карловацкой епархии был избран Павел (Ненадович, впоследствии митрополит Карловацкий). Его права австрийская императрица Мария Терезия подтвердила 6 апреля 1744 г. При вступлении на кафедру присутствовал Карловацкий генерал, что вызвало резкое недовольство католического епископа Загреба. В мае 1745 г. католический епископ запретил епископу Павлу въезд в Банию для посещения приходов, мотивируя это тем, что они находятся на территории Загребской католической епархии. Местные власти третировали православное духовенство, наказывали за малейшие проступки, заставляли выплачивать все налоги. Епископ Павел жаловался в Вену. В 1747 г. жалобу удовлетворили и подтвердили его права в Карловацком и Вараждинском генералитетах. В 1746 г. митрополит Алексий и епископ Павел открыли училища в Плашках и Залужнице близ Врховине. Епископ Павел основал новый епархиальный архив, т.к. все предыдущие документы уничтожил епископ-униат. После отъезда епископа Павла и смерти митрополита Алексия в 1749 г. администратором обеих епархий стал архимандрит Даниил (Якшич). 18 сентября 1750 г. указом императрицы Костайницко-Зринопольской епархии отошли приходы Лепавинско-Северинской епархии, Горно-Карловацко-Приморской епархии – приходы в Лике и Крбаве. Тем же указом епископом первой был поставлен Арсений (Теофанович; ум. в 1753 г.). На кафедру второй 19 августа 1752 г. вступил епископ Даниил (Якшич; ум. в 1771 г.). Он провёл строительные работы в мужском монастыре Гомирье, духовном центре епархии, и открыл при нём иконописную школу. Венские власти в этот период были заинтересованы в охране своих границ сербами, поэтому были готовы пойти на уступки, но местные прокатолические власти были настроены к православным враждебно. Так, в 1750–1760 гг. Жумберак, почти наполовину православный город, был обращён в унию. Городские власти ставили униатов на свободные православные приходы, запретив въезд в город православным священникам. В ответ на протесты епископа Даниила в город было направлено несколько комиссий, которые докладывали, что не обнаружили никаких нарушений, и что в городе православных мало. С 20 января 1754 г. Костайницко-Зринопольской епархией управлял епископ Иосиф (Стоянович, ум. в 1775 г.). В 1769 г. епархия была упразднена, а епископ отправлен на пенсию. После смерти епископа Даниила епископ Иосиф с титулом «Горно-Карловацкий» был поставлен над приходами обеих епархий, окончательно их объединив. В 1774 г. он снова ушёл на пенсию.