Иоганн Герхардт считал, что толкователи должны интерпретировать Священное Писание в согласии со Святым Духом, действием Которого оно возникло, и именно Святой Дух как автор Священного Писания одновременно является и «высшим и наиболее аутентичным толкователем» Священного Писания, «слова Священного Писания суть слова Святого Духа», ибо пророки и апостолы были «секретарями» (amanuenses) Святого Духа. Толкованию Писания через Предание он противопоставляет личное «озарение» толкователя «Божественным светом» (divini luminis irradiatio), считая, что только через это просвещение Святым Духом достигается «совершенно уверенное, прочное и спасительное познание» предлагаемых Священным Писанием «тайн веры» (mysteria fidei). Это достигается посредством молитвы и радения о «слышанном и читаемом со тщанием Слове». Что касается «тёмных мест» Священного Писания, наличие которых приводилось католическими оппонентами в качестве аргумента в пользу необходимости церковного Предания для толкования Писания, Иоганн Герхардт подчёркивал, что в «догматическом» и «нравственном» отношении всё необходимое для спасения уже сказано в Писании, а «тёмные места» ничего не говорят более того, что нужно знать о спасении. Регулятивным принципом при истолковании «тёмных мест» становится (понятое в смысле лютеранской догматики) «Правило веры» (Regula fidei), а само истолкование нужно проводить «согласно аналогии веры». Исследователи отмечают, что особенность эсхатологии Иоганна Герхардта состоит в утверждении «уничтожения мира» (annihilation mundi) – в конце истории нужно ожидать не обновления мира, но его полного уничтожения, за которым последует совершенно новое творение. Немецкий теолог Пауль Альтхаус (1888–1966 гг.) видел в этом отрицании мира как творения «вторжение мистики в лютеранское богословие». Однако понятие «annihilatio mundi» могло быть использовано Иоганном Герхардтом и как широкая метафора свободы действия Бога по отношению к сотворённому Им миру и всей системе бытия.