С точки зрения первой он описал возникновение монофизитской доктрины на сирийском Востоке. Вторая теория связана с осмыслением «александринизма» монофизитов как некой изначально ущербной модели «христологии Слово-Плоть» («Logos-Sarx Christologie»), противопоставленной христологической модели «Слово-Человек» («Logos-Anthropos Christologie»). Эти построения Алоиса Грилльмайера, особенно классификация взглядов Кирилла Александрийского и его последователей, а также искусственное противопоставление двух моделей, критикуются многими учёными. В первую очередь, его труд ценится тем, что содержит библиографии изданий и исследований по каждому упоминаемому в нём автору. Ориентация Алоиса Грилльмайера на компромиссную трактовку узких мест истории византийской христологии обусловлена его экуменической деятельностью, направленной на достижение согласия с представителями нехалкидонских общин. Метод Алоиса Грилльмайера состоял в исследовании «динамики развития в связи с керигмой и рефлексией». Он привлекал не только богословские, но и литургические и исторические тексты, а также миссионерские программы. Алоис Грилльмайер планировал написать исследование «Иисус Христос в церковном вероучении» в трёх томах: первый том должен был охватывать период от новозаветной эпохи до Халкидонского собора, второй – от Халкидона до 600 г., третий – от 600 г. до 800 г., включая иконоборчество, испанское адопцианство. Но структура его стала более сложной: во втором томе, из которого изданы четыре части, рассмотрен период от Халкидонского собора до конца VI в., причём в первой части исследуется период до 518 г., т.е. до правления Юстина, а во второй и в последующих – весь VI в., но по регионам, в том числе рассматривается ситуация в формирующихся национальных церквах: Сирийской, Эфиопской, Нубийской, Армянской и Грузинской. К настоящему времени издан первый том и опубликованы очерки Константинопольской, Иерусалимской, Александрийской, Антиохийской, Эфиопской и Нубийской церквей из второго тома. Две последние части второго тома подготовлены после смерти Алоиса Грилльмайера на основе его материалов и плана Терезией Хайнталер. Том, посвящённый Сирийским церквам, представляет собой коллективный труд, написанный по плану, составленному Алоисом Грилльмайером. Третий и четвёртый тома в настоящее время готовятся к изданию. Существуют английский и французский переводы исследования Алоиса Грилльмайера.