В Венгрии победившая партия выбрала королём одного из вельмож, Абу, который, не объявляя войны, вторгся в Баварию (1042 г.), однако потерпел там поражение. Осенью 1042 г. Генрих III сам вступил в Венгрию, разбил в двух сражениях Абу и завладел страной, оставив в ней свои гарнизоны. Генрих III предпринял новый поход, когда Аба опять завладел властью (1043 г.), но им удалось заключить договор, по которому Аба признавал главенство Генриха III и передавал ему все земли до рек Лейты и Моравы. Однако после того как Генрих III покинул Венгрию, Аба нарушил договор, и против него был организован новый поход. В битве при Менфё (1044 г.) венгерские войска были разгромлены, и король Пётр снова возведён на престол. Однако вскоре он был свергнут с венгерского престола и ослеплён (1046 г.). С приходом к власти в Венгрии короля Андраша Арпада (1046 г.) стала проводиться независимая от империи политика. Церковная политика Генриха III отмечена контролем за сменой Римских пап. Низложив на Соборе в Сутри Григория VI (1045–1046 гг.), ставшего папой после уплаты денежного вознаграждения своему предшественнику Бенедикту IX (1032–1044, 1045, 1047–1048 гг.), и добившись подтверждения низложения двух его предшественников (Бенедикта IX и Сильвестра III), Генрих III настоял на избрании новым папой епископа Бамбергского Суитгера (Климент II; 1046–1047 гг.), который и короновал Генриха III императорской короной. С этого момента и до смерти Генриха III Римский престол занимали папы, назначавшиеся императором. После смерти Климента II римская знать просила императора определить имя нового папы, которым стал Поппо, епископ Бриксенский, принявший имя Дамас II (июль-август 1048 г.). После его смерти следующим папой по указанию Генриха III был избран епископ Туля Бруно под именем Лев IX (1049–1054 гг.). Впоследствии Генрих III активно поддерживал деятельность папы Льва IX, поборника клюнийской реформы, сторонником которой в это время был и Генрих III. Император поддерживал тесные связи со святыми Гуго, аббатом Клюни, и Петром Дамиани, которых он назначил духовниками наследника Генриха. Генрих III активно отстаивал своё право назначать епископов, решительно искоренял симонию. В 1052 г. предпринял поход в Италию, который сопровождался преследованием обвинённых в симонии и других злоупотреблениях. Поскольку на протяжении почти всего правления Генриха III папский престол занимали угодные ему люди, произошло объединение интересов Римской курии и имперской церкви. Содействуя возвышению папской власти, Генрих III заложил предпосылки к её освобождению от влияния императоров. Новыми культовыми центрами при нём стали Шпайер и Гослар. Шпайер был выбран ещё Конрадом II в качестве новой королевской столицы, в 1030 г. там начали строить собор во имя Пресвятой Девы Марии, считавшейся покровительницей династии (впоследствии был усыпальницей королевской династии). Гослар стал резиденцией императора, в которой он часто останавливался. Вокруг Гослара Генрих III начал формировать комплекс имперских владений, что было вызвано необходимостью укрепиться в Саксонии, где правил сильнейший в то время герцогский род Биллунгов. В литературных источниках создавался образ Генриха III как «доброго государя», благочестивого правителя, желающего на деле и в понятных подданным формах являть собой пример следования заповедям Христа.