Легатом во Францию назначался флорентийский кардинал Александр Медичи, который должен был не только подтвердить факт перехода Генриха IV в католическую веру, но и реорганизовать церковь во Франции и выступить посредником между Генрихом IV и испанским королём в войне, которую те вели с января 1595 г. В 1596–1598 гг. последние сторонники лиги признали власть Генриха IV, а Вервенский мир (2 мая 1598 г.) положил конец войне с Испанией. Все завоёванные испанским королём и католическими оппозиционерами города и провинции были возвращены Франции. Гражданский мир был установлен после подписания Нантского эдикта (13 апреля 1598 г.), мирного договора, завершившего религиозные войны во Франции и отменённого только французским королём Людовиком XIV в 1685 г. Дополненный бреве (30 апреля) и рядом секретных статей (2 мая 1598 г.) Нантский эдикт утвердил основы государственной политики веротерпимости, предоставив гугенотам, составлявшим около 7% населения, особый статус. Католичество оставалось государственной религией, но были подтверждены права гугенотов на свободу проповеди, школьного преподавания и богослужения. В гражданских правах они полностью уравнивались с католиками и получали доступ ко всем государственным должностям. Реформатское богослужение по-прежнему было запрещено в Париже, но разрешалось там, где было введено раньше. Предоставление политических прав гугенотам, а также невыполнение обещаний, данных королём во время переговоров о снятии церковного отлучения, испортили отношения Генриха IV с папским престолом. Так, во Франции решения Тридентского собора не были приняты, т.е. зарегистрированы парламентами. Реставрация католической церкви в Беарне и Наварре ограничилась назначением двух епископов в 1597 и 1599 гг. Тем не менее, папа Климент VIII пошёл навстречу Генриху IV, объявив недействительным его брак с Маргаритой Валуа (декабрь 1599 г.). Среди оснований для расторжения брака назывались его неканоничность (недобровольное вступление в брак, отсутствие папского разрешения, специфика церемониала) и отсутствие наследника. 17 декабря 1600 г. Генрих IV вступил в брак с Марией Медичи, племянницей папы Климента VIII. Впоследствии Генрих IV попытался восстановить влияние Франции в Риме и противостоять испанской партии, игравшей политическую роль в Римской курии.