Однако сторонники Католической лиги, центром которой оставался Париж, отказались признать Генриха IV, провозгласив королём кардинала Карла Бурбона под именем Карл X. Генрих IV был вынужден начать военные действия против лиги для «завоевания королевства», одержал ряд побед, в том числе при Арке (1589 г.) и при Иври (ныне Иври-ла-Батай, 1590 г.), в апреле-сентябре 1590 г. осаждал Париж, а в ноябре 1591 г. – апреле 1592 г. – Руан, взял Шартр и Нуайон (1591 г.), однако исход войны был неясен. Лигеры получали значительную финансовую помощь от испанского короля Филиппа II, папы Римские Сикст V и Климент VIII (1592–1605 гг.) неоднократно посылали своих легатов и нунциев, среди их задач была и попытка организовать выборы короля-католика с целью сохранения католичества во Франции (рассматривалась также возможность возведения на престол испанского принца). В январе 1593 г. в Париже собрались Генеральные штаты для избрания нового короля. В таких условиях Генрих IV понимал, что положить конец гражданским войнам и взять власть в свои руки станет возможно только после перехода в католическую веру. В апреле-июле 1593 г. в городе Сюрен состоялись переговоры между представителями короля и депутатами Генеральных штатов. В мае Генрих IV публично сообщил о своём решении поменять конфессию, 25 июля в Сен-Дени архиепископ Буржа Рено де Бон принял католическое исповедание веры короля (это был шестой раз, когда Генрих IV менял веру). Пролигерски настроенные города и правители постепенно прекращали борьбу, одни добровольно, другие, продавая свою верность на более или менее выгодных условиях. Католические и протестантские вельможи получали за признание Генриха IV щедрые вознаграждения в виде губернаторств, пенсий, придворных должностей, города и провинции – торжественные подтверждения их привилегий. В январе 1594 г. Генриху IV сдались города Мо, Орлеан, Бурж, Экс (ныне Экс-ан-Прованс), в феврале – Лион. 27 февраля 1594 г. в Шартре состоялась коронационная церемония. 22 марта Генрих IV, король Франции, без боя вступил в Париж, по преданию, сказав ставшую знаменитой фразу: «Париж сто́ит мессы!» Тогда же были окончены переговоры о сдаче Руана, а также Лана, Амьена и других городов Пикардии, чуть позднее под власть Генриха IV перешла Шампань. С 1592 г. Генрих IV пытался добиться от папского престола снятия церковного отлучения. Посланное в октябре 1592 г. в Рим посольство так и не было принято папой Климентом VIII. Новое посольство во главе с Луи Гонзагой, герцогом Неверским, католиком и итальянцем по происхождению, было отправлено в октябре 1593 г. Папа Климент VIII, опасавшийся неудовольствия со стороны испанцев, отправил навстречу французскому посольству иезуита Антонио Поссевино, чтобы тот отговорил их от поездки в Рим, однако Антонио Поссевино добился от папы приёма французских послов как частных гостей. Наконец, после долгих и тяжёлых переговоров папа Римский Климент VIII, опасаясь отпадения Франции от католической церкви, официально снял отлучение с Генриха IV (17 сентября 1595 г.) и восстановил дипломатические отношения с Французским королевством.