В то же время при безуспешных осадах Аскалона, а затем Арсуфа Готфрид Бульонский вступил в конфликт с Раймундом IV Тулузским и его союзником архиепископом Пизы Даимбертом, первым латинским патриархом Иерусалима, которые требовали передачи этих городов в независимое владение Раймунда или образования из захваченных земель церковных доменов. Готфрид Бульонский заключил с Даимбертом договор о том, что, если в ходе дальнейших завоеваний будет создано светское государство со столицей в Каире, Иерусалим и Яффа перейдут во владение католической церкви как отдельные королевства. Однако планы завоевания Египта не осуществились. После смерти Готфрида Бульонского сторонники создания светского государства провозгласили королём Иерусалима его брата Балдуина. Существует несколько версий смерти Готфрида Бульонского. Арабский хронист XII в. Ибн аль-Каланиси в «Истории Дамаска» сообщает, что Готфрид Бульонский был ранен стрелой при осаде Акры, и это стало причиной его болезни и кончины. В христианских хрониках XII в. эта версия не встречается. Альберт Ахенский в «Истории Иерусалима» и Эккехард Аурский пишут о смертельной болезни, поразившей Готфрида Бульонского в Кесарии. Позднее распространилось предание о том, что он был отравлен в Кесарии одним из эмиров, но эта версия не подтверждается источниками. В западноевропейской средневековой литературе и фольклоре он был идеализирован как первый король Иерусалима. В героической поэзии (жестах) XII–XIII вв. ему отводилось исключительное место в ряду вождей первого Крестового похода, он считался законодателем, издавшим главный свод законов Иерусалимского королевства – «Иерусалимские ассизы» (в действительности – памятник середины XII в.). В XIV в. в поэме «Обет павлина» («Le Voeux du Paon») Жана де Лонгийона Готфрид Бульонский был включён в круг идеальных рыцарей, известных как «Девять Достойных», наделялся недюжинной физической силой: согласно преданию, на Сицилии боролся с медведем и победил его, в Палестине одним ударом меча отрубил голову верблюду. Наиболее полные и достоверные сведения о жизни Готфрида Бульонского содержатся в хронике Альберта Ахенского, в анонимной хронике «Деяния франков» («Gesta Francorum») и в хронике Раймунда Ажильского «История франков, которые взяли Иерусалим» («Historia Francorum qui ceperunt Iherusalem»). Готфрид Бульонский является героем двух французских гест, посвящённых Крестовым походам, – «Песни об Антиохии» («Chanson de Antioche») и «Песни об Иерусалиме» («Chanson de Jerusalem»). Семья Готфрида Бульонского и он сам стали героями нескольких легенд, самая известная из них, «Рыцарь-Лебедь», была выбрана для сюжета оперы Рихарда Вагнера «Лоэнгрин». Легендарные черты Готфрид Бульонский приобрёл благодаря хронисту Вильгельму Тирскому, рассказавшему историю первого Крестового похода в хронике «История священной войны, которую вели христианские князья в Палестине и на Востоке» («Historia belli sacri a principibus christianis in Palaestina»).