Идея Бога, признаваемая практическим разумом, непременно предполагает и те его свойства, которые открывает разум теоретический. Густав Густавович Шпет отмечал, что критика С.С. Гогоцкого «проникнута историзмом в хорошем философском смысле». Главное, из чего вытекают все «несообразности» у И. Канта, – это, как подчёркивает С.С. Гогоцкий, отрыв разума как мыслящего начала от сущности предметов познания: разум уже не может проникнуть в сущность вещей, а сущность вещей не может быть понята, отсюда и практический разум оторван от теоретического. Критикуя скептицизм И. Канта, С.С. Гогоцкий ценил в его философии направленность на самопознание, а в учении об антиномиях видел источник гегелевской диалектики. Высшим достижением критической философии он считал «Критику способности суждения» И. Канта, т.к. содержащееся в ней телеологическое учение должно непосредственно привести к стройной органической системе, что и произошло, по С.С. Гогоцкому, в системе Г.В.Ф. Гегеля. В этом смысле С.С. Гогоцкий называл всю посткантовскую немецкую философию «восставшей» против кантовского познания и полностью соглашался с ГВ.Ф. Гегелем. Заслуга Г.В.Ф. Гегеля, по С.С. Гогоцкому, заключается в утверждении тождества деятельности и предмета познания в самом мышлении. Однако «гегельянство» С.С. Гогоцкого имеет ограниченный характер; он критиковал его «гносеологический оптимизм» в области богопознания и называл систему Г.В.Ф. Гегеля «пантеистическим учением», т.к. в ней Творец превращается в диалектическое движение человеческого мышления о Боге, а человеческое познание о Боге – в самопознание Бога в человеке. По словам С.С. Гогоцкого, ГВ.Ф. Гегель «не усомнился уверять, что неисповедимое существо Божие исчерпывается его логическою формою, а между тем его смелая система на каждом шагу обнаруживает своё бессилие перед этим высоким вопросом и как бы казнится божественной иронией». Вместе с тем критики отмечали не всегда оправданное следование С.С. Гогоцкого за философией Г.В.Ф. Гегеля в чисто богословской области. Памфил Данилович Юркевич считал работы своего учителя несвободными от «неестественной примеси диалектических тонкостей». По оценке Г.Г. Шпета, главная заслуга философской деятельности С.С. Гогоцкого – её историзм, а также «принципиальная самостоятельность философии и независимая методичность, при несомненной связи постановок вопросов с общими требованиями времени». С.С. Гогоцкий уделял внимание вопросам сравнительного богословия: ещё в качестве диссертации на степень магистра богословия написал работу «Критическое обозрение учения римской Церкви о видимой главе Церкви», которая, однако, носит компилятивный характер. Позднее он планировал переработать это сочинение, добавив его к своим статьям по национальному вопросу в западных губерниях.