23 декабря 1821 г. он был арестован в городе Судиславле Костромской губернии в богадельне при доме купца Николая Андреевича Папулина. Следствие не подтвердило обвинений против С.С. Гнусина («ничего особенного не открыто», «оскорбительных насчёт религии картин... при всех стараниях не отыскано»). Однако было признано необходимым его удаление из Москвы, «потому более, что он по строгим правилам и скромной жизни своей почитается от многих приверженцев к старообрядческой вере за святого». Рекомендовалось также удалить из Москвы ещё одного федосеевского учителя – Ивана Федотова. В отношении Преображенского кладбища были приняты строгие меры, затем распространённые на всё федосеевское согласие: предписано обязательное ведение метрических книг, запрещено молодёжи жить при моленных, а также «дальнейшее умножение» моленных. С.С. Гнусин должен был быть отправлен в Шлиссельбургскую, И. Федотов – в Швартгольмскую крепости, но 23 мая 1823 г. они были доставлены для заключения в Соловецкий монастырь, где С.С. Гнусин спустя 16 лет скончался и был погребён. Литературное наследие С.С. Гнусина на сегодняшний день полностью не выявлено и не атрибутировано. Его труды преимущественно содержатся в собраниях Егора Егоровича Егорова, Рогожского кладбища, Елпидифора Васильевича Барсова, Михаила Ивановича Чуванова и в частных коллекциях. Наиболее известным сочинением С.С. Гнусина, в котором пространно излагается учение федосеевцев, являются «Новые Пандекты» (начало: «Сия святая и богодухновенная книга, нарицаемая Новыя Пандекты... собранная... от 256 священных книг и от внешних», в 4 книгах, 9 частях, содержащих 655 глав, 1579 листов), написанные около 1810 г. (Российская государственная библиотека, списки конца ХIХ в.). Сохранилось значительное число учительных посланий С.С. Гнусина в федосеевские центры в Москве, Писцове, в том числе «наказания», написанные и отправленные из тюремного заключения в Москве. Федосеевский наставник активно участвовал в полемиках внутри беспоповских согласий. В начале XIX в. С.С. Гнусин создал ряд сочинений в связи со спорами внутри федосеевского согласия по вопросу о браке, выступил последовательным и строгим противником брака. Этому вопросу посвящены его сочинения «О браках новожёнских» (Российская государственная библиотека, списки около 1805 г.), «Наказание» (в сборнике статей С.С. Гнусина – Российская государственная библиотека, ХIХ в.). «Наказание» оставалось важным уставным предписанием для федосеевцев (старопоморцев) до конца XIX в.