При строительстве нового архиерейского дома старый дом с землёй был передан лютеранам. По инициативе Георгия была приведена в порядок епархиальная документация, сформирован архив. Защищая права православных, Георгий неоднократно обращался за помощью в Святейший Синод и российскую Коллегию иностранных дел, собирал древние королевские грамоты, составил реестр храмов, отобранных у православных. На базе этих материалов издал справочную книгу «Права и вольности исповедующих греко-восточную веру в Польше и Литве» (Варшава, 1767 г.; на польском языке). Ценность книги была отмечена Святейшим Синодом, впоследствии документы из «Архива Конисского» использовались православными в тяжбах с униатами и католиками. Святитель много проповедовал, указывал на негативные стороны деятельности иезуитских и доминиканских миссионеров. В 1762 г. Георгий был приглашён на коронацию императрицы Екатерины II в Москву, 29 сентября произнёс речь, в которой выразил тревогу за судьбу православных в Польше. Речь стала манифестом политической лояльности западнорусского духовенства к российскому правительству. Из Москвы Георгий вместе с императорским двором переехал в Санкт-Петербург, где жил до 1765 г. Синод представлял его на Псковскую кафедру, но Екатерина II ответила, что «Георгий нужен в Польше». Святитель способствовал оформлению нового курса российской дипломатии в Речи Посполитой, подав в 1763 г. от имени всех православных Польши челобитную императрице. Летом 1765 г. поехал в Варшаву для представления новому королю Станиславу Августу Понятовскому (1764–1795 гг.), 27 июля произнёс речь о тяжёлом положении православных и всех некатоликов-«диссидентов» (она была переведена на ряд европейских языков как образец защиты веротерпимости). Позже подал королю «Мемориал об обидах православным» из 20 пунктов. Георгий принимал участие в заседаниях сеймов, разрабатывал статьи о положении православных, способствовал созданию «Вечного трактата», подписанного 13 февраля 1768 г. и даровавшего православным права, равные с католиками. Одновременно, испытывая давление со стороны католической партии и не рассчитывая на поддержку короля, участвовал в работе «диссидентских» конфедераций, в частности, Слуцкой 1767 г. В 1768 г. стал членом смешанного суда для разбирательства религиозных споров между католиками и «диссидентами», покровительства у Георгия искали протестанты. В 1759 и 1760 гг. на его жизнь были совершены покушения. В 1768 г. переехал в Смоленск, откуда продолжал руководить паствой, посылая письма и наставления. В соавторстве со Смоленским епископом Парфением (Сопковским) составил пособие по вопросам канонического права, литургики, проповеди и пастырского богословия «О должностях пресвитеров приходских» (СПб., 1776 г.; переведено на английский язык).