На Западной Украине были упразднены католические монастыри, семинарии, издательства. Однако ни епархиально-приходская структура униатской церкви, ни её клир не были затронуты новым режимом, на территории Львовской митрополичьей епархии продолжали действовать 1267 греко-католических приходов, существовавших здесь до 1939 г. После объединения украинских земель в составе СССР глава униатской церкви митрополит Андрей Шептицкий вынашивал планы прозелитической деятельности на всей территории страны, для чего в октябре 1939 г. учредил четыре униатские структуры: экзархат Великой Украины, экзархат Великой России и Сибири, экзархат Волыни, Полесья, а также занятых советскими войсками районов Холмщины и Подляшья, экзархат Белоруссии. Ватикан не сразу, но утвердил эту структуру униатской церкви. В ходе Великой Отечественной войны галичане принимали активное участие в антифашистской борьбе. При оккупации Галиции фашистской армией вместе с ней шли и сторонники ОУН, составившие партизанские отряды, боровшиеся против Красной Армии. Они получили название бандеровцев, по имени одного из руководителей движения – Степана Бандеры. В конце войны бандеровцы обратили оружие не только против «советов», но и против фашистов. Движение продолжало существовать и после войны, носило террористический характер, отличалось жестокостью по отношению к политическим врагам и к мирному населению, было подавлено советскими органами лишь к середине 1950 гг. В конце войны в результате дипломатических переговоров между СССР и западными державами Перемышль и Лемковщина были отданы Польше. Лемкам разрешили выбирать подданство, многие переселились в советскую Западную Украину. Оставшихся в Польше ждала трагическая судьба – в Лемковщине хозяйничали польские террористические банды, затем бандеровцы. После убийства ими генерала Кароля Сверчевского весной 1947 г. лемки были выселены польским правительством в западные польские земли – Верхнюю Силезию (операция «Висла»). Лишь в последние годы потомки переселенцев получили возможность вернуться на родные земли, там действуют православные церкви и монастыри, входящие в Перемышльско-Новосондецкую епархию Польской автокефальной православной церкви. После окончания Второй мировой войны по обвинению в сотрудничестве с гитлеровцами были арестованы все униатские епископы в Галиции во главе с митрополитом Иосифом Слипым; почти одновременно было разгромлено движение «русских галичан», обвинённых в «буржуазном национализме».