Легче было положение православных в Перемышле, где сохранялась епископская кафедра. Деятельность православной церкви в Галицкой Руси начиная с конца XIV в. подвергалась многочисленным ограничениям, сохранявшим силу до конца XV в.: ограничивалась свобода богослужения (были запрещены крестные ходы, православные священники не имели права посещать больных со Святыми Дарами и провожать умерших в церковных облачениях и со свечами, в некоторых местах не разрешался колокольный звон), действовал запрет на строительство православных храмов, православные мещане не допускались в состав городских магистратов, не принимались в цехи, в судебных спорах с католиками не могли выступать ни в качестве одной из сторон, ни в качестве свидетелей. Однако современные исследования показывают, что, несмотря на это, распространение католицизма на восточнославянских землях в составе Польши (как и в Великом княжестве Литовском) было незначительным. Прирост католического населения осуществлялся, в основном, за счёт немецких и польских колонистов-горожан. В первой половине XVI в. в силу ряда внешне- и внутриполитических причин польские власти частично отменили или ослабили ограничения в отношении православных. В некоторых городах на галицких землях православные мещане получили доступ в магистраты, приобрели возможность участвовать в судебных спорах, православные священники могли посещать больных в облачении, но без свечей. В 1539 г. в Галицкой Руси было восстановлено православное епископство, центром которого стал Львов. Прозелитическая деятельность католической церкви на восточнославянских землях резко активизировалась в 1570 гг., в первую очередь, благодаря появлению там главной движущей силы Контрреформации – ордена иезуитов. Борьбу населения против насаждения католичества, а позднее и унии в Речи Посполитой возглавили объединения православных мирян – православные братства, появившиеся в Галицкой Руси в конце XVI в. Крупнейшим было Львовское братство, устав которого в 1586 г. был утверждён Антиохийским патриархом Иоакимом V Дау (1581–1592 гг.). В 1586–1595 гг. братство находилось в состоянии острого конфликта с Львовским епископом Гедеоном (Балабаном), который, по мнению братчиков, нарушал архипастырский долг и недостаточно заботился об укреплении позиций православия. На Брестском унийном Соборе Холмский епископ Дионисий (Збируйский) принял унию. Перемышльская и Львовская епархии присоединились к унии соответственно в 1691 и 1700 гг. Поскольку с 1676 г. действовал введённый польским сеймом запрет на контакты православных подданных Речи Посполитой с восточными православными иерархами и таким образом был отменён ставропигиальный статус некоторых братств и монастырей, все православные храмы и братства на территории епархий, чьи епископы приняли унию, вскоре стали униатскими. В 1708 г. приняло унию Львовское братство. Ещё дольше, чем братчики, противилось введению унии православное монашество Галиции. Монастырь в Словите хранил верность православию до 1718 г., Креховская Николаевская обитель сопротивлялась введению унии до 1721 г. Во второй половине XVIII в. на галицких землях действовал один православный храм – в Манявском в честь воздвижения Креста Господня скиту.