1 февраля 1920 г., после реставрации большевистского режима, арестован в Иркутске вместе с епископами, эвакуировавшимися туда из Западной Сибири. Вскоре освобождён. Будучи епископом Челябинским и Троицким, к месту назначения не выехал (в связи с занятием Челябинска 27 мая 1918 г. частями выступившего против большевиков Чехословацкого корпуса). В конце 1918 г. находился в Киеве, принимал участие в работе Всеукраинского Православного Церковного Собора. С 1919 г. – епископ Акмолинский. Получив весной 1921 г. назначение епископом Петропавловским, на место убиенного епископа Мефодия (Краснопёрова), на кафедру не выехал. С 14 сентября 1921 г. находился на покое в томском Богородице-Алексиевском мужском монастыре в качестве настоятеля. В сентябре 1922 г. отпал в обновленчество; в сентябре–октябре вместе с епископом Софронием (Арефьевым) совершил несколько архиерейских хиротоний, положив начало обновленческому епископату Сибири, участвовал в посвящении во епископа председателя самозванного «Временного сибирского церковного управления» женатого священника города Томска Петра Блинова. Был обновленческим епископом Томским, в 1923 г. – Алтайским. В мае 1923 г. в звании архиепископа Барнаульского принял участие в обновленческом втором Поместном Соборе, на котором подписал постановление о лишении сана и монашества патриарха Тихона. Летом 1923 г. принёс покаяние и принят в лоно православной церкви как епископ, находящийся на покое, в августе возведён патриархом в сан архиепископа. В конце 1923 г. выслан в Петроград. По приглашению членов Александро-Невского братства служил в церкви св. митрополита Петра (подворья Творожковского монастыря), где с осени 1923 г. обосновалось братство. В 1925 г. выслан в Москву без права выезда, с 1926 г. проживал в Ленинграде также без права выезда. По представлению Ленинградского митрополита Иосифа (Петровых) в сентябре 1926 г. назначен архиепископом Кингисеппским, викарием Ленинградской епархии. По его же поручению с 14 сентября 1926 г. по 19 апреля 1927 г. временно управлял Ленинградской епархией. 19 апреля 1927 г. арестован по делу Богословско-пастырского училища, обвинён в организации кружка «Ревнителей истинного православия» и антисоветской агитации «через учащихся». 19 ноября 1927 г. освобождён под подписку о невыезде; 10 ноября 1928 г. дело было прекращено «за недостаточностью компрометирующего материала». В конце 1927 г. являлся «непоминающим», в декабре подписал одно из протестных посланий, переданных митрополиту Сергию (Страгородскому), но к иосифлянам не присоединился; вскоре отказался от оппозиции курсу митрополита. В декабре 1927 г. – декабре 1928 г. – архиепископ Полоцкий и Витебский. Уволен на покой по прошению, вновь служил в Ленинграде в церкви св. митрополита Петра, после её закрытия (апрель 1930 г.) – в Феодоровском соборе, куда перешло и Александро-Невское братство. По делу братства 17 февраля 1932 г. арестован и 22 марта 1932 г. приговорён Коллегией ОГПУ к пяти годам лагерей. Отбывал срок в Сибирском и Карагандинском исправительно-трудовых лагерях. Освобождён в феврале 1937 г., приехал в Ленинград. Не получив возможности служить, поселился в городе Боровичи, где также не был допущен к священнослужению; жил на подаяния. 9 сентября 1937 г. арестован по обвинению в руководстве контрреволюционной церковной организацией. Поставил подпись под сфабрикованными показаниями, затем отказался от них и от участия в очных ставках. 10 декабря приговорён Особой тройкой УНКВД Ленинградской области к высшей мере наказания; расстрелян в числе 51 человека, проходившего по делу.