При Гедеоне состоялось перенесение чудотворной Любечской иконы Пресвятой Богородицы из города Любеча Черниговской епархии в Киев (1690 г.), перенесение в киевский Софийский собор из луцкой Иоанно-Богословской церкви пепла сожжённой левой руки великомученицы Варвары и кораллового перстня, был устроен оклад для чудотворной Купятицкой иконы Пресвятой Богородицы, началось строительство нового храма в киевском Братском в честь Богоявления Господня мужском монастыре (на средства И.С. Мазепы), была освящена новая церковь в Мотронинском во имя Святой Троицы монастыре, делалась попытка обновления Десятинной церкви в Киеве и др. На время управления Гедеоном Киевской митрополией приходится начало издания свода «Житий святых», составленного Димирием (Туптало). В 1686 г. гетман И.С. Самойлович с согласия Гедеона писал князю В.В. Голицыну и патриарху Иоакиму и просил выслать в Киев Великие Минеи-Четьи Макария для работы над полным сводом Житий святых. Книги были посланы, в марте 1688 г. по требованию патриарха возвращены в Москву. В 1689 г. в Киеве без патриаршего благословения вышел в свет первый том «Житий святых». Книга после рассмотрения и одобрения её Гедеоном и архимандритом Варлаамом (Ясинским) была отправлена патриарху Иоакиму. В ответ Иоаким написал архимандриту Варлааму грамоту со строгим порицанием за замеченные в книге, по мнению патриарха, католические воззрения на празднование Зачатия Пресвятой Богородицы, а также за включение в святцы католических отцов церкви Августина Блаженного и Иеронима Стридонского. Патриарх потребовал впредь все предполагаемые к изданию книги представлять для утверждения в Москву. В 1688–1689 гг. в связи с шедшими в Москве с конца 1660 гг. спорами о времени преложения Святых Даров патриарх Иоаким посылал Гедеону, архиепископу Лазарю и архимандриту Варлааму грамоты с требованием изложить позиции по этому вопросу. Для составления ответа Гедеон созвал Собор духовенства. Ведущая роль в выработке формулировок принадлежала игумену киевского Кирилловского монастыря Иннокентию (Монастырскому). Митрополит и архиепископ Лазарь сначала намеревались избежать прямого ответа, затем направили патриарху послания, содержавшие католический взгляд на проблему. Лишь после категорического требования патриарха «последовать всеконечно» учению Восточной церкви Гедеон и архимандрит Варлаам в августе 1689 г. прислали патриарху Иоакиму грамоту с обязательством не отступать от вероучения Восточной православной церкви (ответ архиепископа Лазаря аналогичного содержания был послан позднее). Завещание Гедеона по его просьбе написал 21 марта 1690 г. архимандрит Варлаам (Ясинский). Митрополит оставил бо́льшую часть своих денег (20 тыс. золотых) и драгоценностей Софийскому собору, 100 золотых завещал Крупицкому монастырю на сорокоусты. Гедеон был погребён по завещанию в Софийском соборе, в приделе, где покоятся останки князя Ярослава (Георгия) Владимировича Мудрого. Портрет Гедеона хранился в зале Киевской духовной академии.