Из Речи Посполитой ему писали о притеснениях, которые там испытывают православные от униатов и католиков. Митрополит посылал своих слуг для проверки донесений, в декабре 1685 г., июле и декабре 1686 г. ходатайствовал перед царями о защите православных на польско-литовских землях. В 1687 г. с такой же просьбой он обратился к гетману И.С. Мазепе (И.С. Мазепа, в свою очередь, в декабре того же года просил князя Василия Васильевича Голицына прислать посольство на Гродненский сейм для защиты прав православных). В феврале 1688 г. киевские духовные власти обращались к патриарху Иоакиму с просьбой разрешить приезд в Киев по духовным делам клириков и мирян из Речи Посполитой, однако патриарх настаивал на том, чтобы вопросы, связанные с церковной жизнью православных на польско-литовских землях, решались в Москве. Известны две грамоты Гедеона 1687 г. властям Дисненского и Друйского монастырей (современная Витебская область), запрещавшие посылать насельников этих обителей в Ригу для сбора милостыни и исправления треб (он стремился упрочить свою власть и на Левобережной Украине). В 1686–1687 гг. между митрополитом и запорожским казачеством произошёл конфликт в связи с попыткой Гедеона подчинить себе церкви Запорожской Сечи, тогда как они считались приписными к Межигорскому в честь Преображения Господня монастырю. Митрополит потерпел поражение в конфликте: по просьбе властей Межигорского монастыря патриарх Иоаким в 1687 г. даровал обители ставропигию. Положение Гедеона стало неустойчивым после свержения И.С. Самойловича с гетманства в июле 1687 г. Воспользовавшись напряжёнными отношениями между Москвой и митрополитом, архимандрит Варлаам (Ясинский) 18 января 1688 г. обратился к царям с просьбой о подтверждении ставропигии Киево-Печерского монастыря (просьба была удовлетворена). 27 января Гедеону было запрещено титуловаться митрополитом всея России. 7 марта архиепископ Лазарь (Баранович), жалуясь царям на Гедеона, писал, что митрополит лишил его титула архиепископа и исключил из Черниговской епархии три протопопии. Архиепископ Лазарь просил изъять Черниговскую кафедру из юрисдикции Киевского митрополита и подчинить непосредственно Московскому патриарху (эта просьба также была исполнена). Гедеон проявил себя как активный церковный строитель. Благодаря его усилиям был отремонтирован пришедший в ветхость Софийский собор, в северо-западной части которого в 1689 г. был устроен придел в честь Собора Иоанна Предтечи. Митрополит неоднократно испрашивал у царей богослужебную утварь для собора, добился возвращения незаконно отнятых у храма земельных владений. В возобновлении Софийского собора принимали участие не только украинские зодчие, но и московские мастера, почерк которых угадывается в форме наличников.