20 июля И.С. Самойлович и Гедеон писали о происшедшем в Москву и просили незамедлительно отправить посольство в Константинополь для получения согласия на переход Киевской митрополии в подчинение Предстоятелю Русской церкви; в письме также содержалось пожелание о сохранении прав и привилегий Киевской митрополии. 8 ноября 1685 г. в Успенском соборе Московского Кремля Гедеон был возведён в сан митрополита Киевского, Галицкого и всея России, принёс присягу на верность Московскому патриарху, получил от царей Ивана и Петра и патриарха Иоакима утвердительные грамоты на Киевскую кафедру. В царской грамоте содержалось обещание соблюдать давние привилегии митрополии, давались гарантии широкой автономии: Киевская митрополия считалась неподсудной Московскому патриарху, сохранялись выборность митрополита, право издания книг, духовные школы, церковные владения (в том числе на территории Речи Посполитой) и др. Гедеон получил от царей и царевны Софии Алексеевны богатые дары, русские правители сделали также вклады утварью в киевский собор Святой Софии. В 1686 г. русское посольство, побывавшее в Османской империи, привезло грамоту Константинопольского патриарха Дионисия IV (1671–1673, 1676–1679, 1682–1684, 1686–1687, 1693–1694 гг.), в которой он уступил Киевскую митрополию Московскому патриарху, и подтвердительную грамоту Иерусалимского патриарха Досифея II Нотары (1669–1797 гг.); поначалу Иерусалимский патриарх резко возражал против поставления Гедеона в Москве, но позднее изменил позицию. Однако Константинопольский патриарх постарался сохранить за собой некоторые права на Киевскую митрополию: за богослужением Киевский митрополит должен был поминать сначала Константинопольского патриарха, затем Московского («как старца своего»); по мнению патриарха Дионисия IV, поставление митрополитов не обязательно должно совершаться в Москве – лишь «по нужде». 21 апреля 1686 г. был подписан вечный мир между Россией и Польшей. В соответствии со ст. 9 договора всё православное население Речи Посполитой находилось в юрисдикции Киевского митрополита. Таким образом, в 1686 г. под властью Гедеона состояли Киевская (митрополичья) и Черниговская епархии (в России), а также номинально Луцкая, Львовская, Перемышльская и Могилёвская православные епархии (в Речи Посполитой), которыми фактически управлял Львовский епископ Иосиф (Шумлянский), ранее признанный польским королём администратором Киевской митрополии, стремившийся к контролю не только над правобережными епархиями, но и над епархиями Левобережной Украины, настаивавший на автокефалии Киевской митрополии. Став митрополитом, Гедеон до июня 1687 г. сохранял за собой титул епископа Луцкого и Острожского (грамоты 17 февраля и 21 мая 1687 г.), на протяжении всего времени управления Киевской митрополией стремился воздействовать на церковную жизнь Правобережной Украины.