А.А. Глаголеву принадлежат комментарии на книги Левит, Руфь, вторую книгу Паралипоменон, третью и четвёртую книги Царств, книгу Товита, книги Притчей Соломона, Песнь Песней, пророков Наума, Аввакума, Софонии и Аггея. В 1906 г. А.А. Глаголев вёл в «Киевских епархиальных ведомостях» отдел «Обзор печати по вопросам Церкви и духовенства (Из духовных журналов)». По поручению Учебного комитета при Святейшем Синоде в 1909 г. рецензировал книгу профессора Санкт-Петербургской духовной академии Ивана Гаврииловича Троицкого «Еврейская грамматика» (СПб., 1908 г.), представленную на Макариевскую премию. В ноябре 1914 г. ему было поручено подготовить к переизданию творения Иеронима Стридонского и другие работы из «Библиотеки творений св. отцов и учителей Церкви западных», выходившие в качестве приложения к «Трудам Киевской духовной академии». 18 декабря 1915 г. А.А. Глаголев был избран в состав созданной при Санкт-Петербургской духовной академии Комиссии по научному изданию Славянской Библии. В 1904–1915 гг. редактировал отдельные выпуски «Учёно-богословских и церковно-проповеднических трудов студентов Киевской духовной академии». Защищая русскую академическую богословскую науку от обвинений в подражательстве и компиляции трудов (в частности, представителей тюбингенской школы), А.А. Глаголев полагал, что самобытность русской науки и независимость от западной «есть, разумеется, идеал», осуществление которого может быть делом нескольких поколений, развивающих научную работу. А.А. Глаголев состоял членом киевского духовно-цензурного комитета, киевского отделения императорского Палестинского православного общества, Церковно-исторического и археологического общества при Киевской духовной академии, Киевского православного религиозно-просветительного общества. Летом 1911 г. руководил первой паломнической экскурсией студентов Киевской духовной академии в Святую землю. Друг семьи Булгаковых, 26 апреля 1913 г. венчал Михаила Афанасьевича Булгакова (1891–1940 гг.) и Татьяны Николаевны Лаппа (1892–1982 гг.), был прототипом о. Александра из романа писателя «Белая гвардия». После закрытия и разрушения церкви во имя Николая Чудотворца (1934 г.) А.А. Глаголев служил в церкви Николая Набережного. После ареста в 1923 г. ректора Киевской духовной академии Каневского архиепископа Василия (Богдашевского) неофициально исполнял обязанности ректора. После закрытия Киевской духовной академии в 1924 г. читал лекции на богословско-пастырских курсах. В 1931 г. арестован по обвинению в принадлежности к контрреволюционной организации «Истинно-православная Церковь», провёл шесть месяцев в заключении в Лукьяновской тюрьме в Киеве. В ночь с 19 на 20 октября 1937 г. был арестован по обвинению в активном участии в «фашистской организации церковников». Скончался в тюрьме НКВД после продолжительных допросов. Похоронен в Киеве в общей могиле.