В целом учение Геннадия Марсельского о благодати и свободе противоречиво, поскольку стремится сочетать православную точку зрения с умеренным августинизмом в духе Проспера. Момент соработничества, синегрии Бога и человека в деле спасения выражен у него недостаточно чётко. Подробнее всего Геннадий Марсельский останавливается на таинстве крещения. Крещение принимают не только взрослые, но и юноши и даже дети. Когда человек приступает к таинству крещения, или возрождения, сначала священнослужители посредством «экзорцизмов и выдуваний» изгоняют из него нечистый дух, а крещаемый отрекается от дел мира. Далее, крещаемый исповедует свою веру перед священником, который его спрашивает, а тот отвечает. После исповедания крещаемый идёт к источнику жизни – купели крещения, где его либо обливают водой, либо погружают в воду. Согласно Геннадию Марсельскому, крещение – это «баня пакибытия», или купель возрождения, в которой искупается первородный грех, очищается всякий прошлый порок и отпускаются все грехи. Затем епископ или священник возлагает на крещеного руки, посредством чего тот получает Святой Дух. Наконец, крещёный причащается святых Таин. Крещение едино, оно совершается в церкви, где едина вера, и где оно преподаётся во имя Отца и Сына и Святого Духа. Относительно тех, кто принял крещение у еретиков, Геннадий Марсельский вслед за Августином Блаженным говорит, что если они были крещены во имя Святой Троицы, то когда они присоединятся к церкви, должны приниматься как уже крещёные, чтобы не упразднилось призывание или исповедание Святой Троицы; затем их следует наставить в правильном церковном понимании Святой Троицы, и если они согласны принять веру церкви, то они, уже очищенные истинной верой, будут утверждены возложением рук священника. Однако тех, кто принял крещение не во имя Святой Троицы, следует крестить, а не перекрещивать, поскольку признать их крещёными нельзя. Мученичество приравнивается Геннадием Марсельским к крещению, поскольку в нём содержатся все элементы таинства крещения. Он допускает возможность покаяния в грехах, совершённых после крещения, в результате чего эти грехи отпускаются. При этом тяжкие и смертные грехи он советует исповедовать публичным покаянием, хотя и не отрицает тайного покаяния; так или иначе, после этого верующий решением священника примиряется с церковью и допускается к причастию. По Геннадию Марсельскому, евхаристия есть воспоминание смерти Господа. Кроме хлеба в ней используется вино, смешанное с водой, поскольку вино было использовано Христом на Тайной Вечере, «в таинстве нашего искупления», а вода излилась вместе с Кровью Христа из Его пронзённого бока. Геннадий Марсельский советует причащаться каждое воскресенье, но не каждый день. По его мнению, причащаться можно, если только человек не находится в греховном расположении, поскольку тот, кто ещё имеет греховную волю, будет, скорее, отягощён причащением, чем очищен.