Человеческая душа не умирает вместе с плотью, поскольку она не передаётся вместе с ней, как семя. Только душа человека ипостасна, т.е. обладает самостоятельным существованием, и, совлекшись тела, она продолжает жить и полностью сохраняет свои чувства и разумную способность. В отличие от человеческой души, души животных неипостасны, но рождаются вместе с плотью и вместе с ней умирают. По мнению Геннадия Марсельского, дух в человеке не составляет особой, третьей сущности, но или сама душа называется духом из-за своей духовной природы или из-за того, что она дышит в теле, или духом называется благодать Святого Духа, которая может наполнять человека. Образ Божий Геннадий Марсельский видел в вечности души, а подобие – в нравственном состоянии. В учении о грехопадении и спасении у Геннадия Марсельского сочетаются две противоположные традиции – кассиановская (восточная) и августиновско-просперовская (западная). В согласии с обеими традициями он утверждал, что первому человеку была предоставлена свобода произволения, чтобы его дух бодрствовал и соблюдал заповедь Божью; если бы он захотел, то оставался бы в том состоянии, в котором был создан. В отличие от Пелагия, Геннадий Марсельский считал, что в результате грехопадения (или преступления) Адам погубил благо своей природы; весь человек, и по телу, и по душе, изменился к худшему. Адам умер, и смерть от него перешла во всех его потомков. Грех, т.е. смерть души, через одного человека перешёл во весь род человеческий (ср.: Рим. 5:12). Все люди в преступлении Адама утратили природную способность и невинность. Люди стали наследовать первородный грех от самого своего рождения. Однако Геннадий Марсельский следовал за Иоанном Кассианом и Фавстом Регийским, когда говорил, что после грехопадения человек утратил лишь силу своего произволения, но не саму способность выбора между добром и злом. После грехопадения в человеке сохраняется свобода произволения, т.е. разумная воля, для взыскания спасения; однако Бог прежде увещевает и призывает человека ко спасению, чтобы он выбирал, или последовал, или действовал по внушению Божьему. Наряду с тем, что начало спасения людей происходит от милующего и внушающего Бога, произволение человеческой природы свободно повинуется этому Божественному внушению. Во власти человека найти успокоение в спасительном внушении Божьем, а от Божественного дара зависит достижение желаемого. От нашего старания и от Небесной помощи в равной степени зависит то, чтобы мы не пали после обретения спасительного дара; а наше падение зависит от нашей власти и лености. Для победы над кознями дьявола человек нуждается в ежедневной Божественной помощи, благодаря которой он может сохранять благой образ жизни. Человек может правильно пользоваться своим свободным произволением только благодаря Христу.