В 1400 г. Ян Гус был рукоположён во пресвитера. В 1401–1402 гг. – декан философского факультета, в 1402–1403 гг. – ректор Карлова университета. 14 марта 1402 г. получил место проповедника в Вифлеемской часовне в Праге (основана учениками Милича). Проповеди Яна Гуса на чешском языке стали популярными не только в народной среде, но и в кругах аристократии. Он был избран духовником королевы Софии (супруги чешского короля Вацлава IV; 1361–1419 гг.). В 1403 г. новый Пражский архиепископ Збынек назначил его синодальным проповедником с обязанностью надзирать за нравственностью духовенства Пражского архиепископства. Наряду с этим Ян Гус занимался научной деятельностью при университете, где читал лекции, был экзаменатором и занимал должности декана и ректора. Обличение пороков духовенства (симонии, роскоши, алчности, лицемерия, взимания платы за совершение таинств), а также требование причащать мирян под двумя видами вызвали недовольство клириков, и Ян Гус был отстранён архиепископом от занимаемой должности. Оксфордский университет пользовался большим почётом в Праге; бакалаврам разрешалось читать в университете только по запискам парижских, оксфордских или пражских магистров. Поэтому неудивительно, что сочинения Дж. Уиклиффа скоро проникли в Прагу. Женитьба английского короля Ричарда II (1377–1399 гг.) на дочери чешского монарха Карла IV, Анне (1381 г.), также содействовала установлению сношений между Чехией и Англией. Сочинения Дж. Уиклиффа приобрели в начале XV в. большой авторитет в Пражском университете, хотя уже были осуждены в Англии. В 1403 г. Ян Гус выступил в защиту осуждённых университетом как еретических «45 тезисов» Дж. Уиклифа, утверждая, что им придали ложный смысл. Тем не менее, он не во всём был с ним согласен, например, в том, что недостойный священник, пребывающий в смертном грехе, не пресуществляет в Евхаристии хлеб в Тело Христово. Уже здесь выступает характерная черта Гуса – его любовь к правде, которую он ставил выше всех других. Другая его черта – благородная горячность, с которой он исполнял свою обязанность – обличать недостатки духовенства, вызвала в этой среде жалобы и требования к архиепископу лишить Яна Гуса звания проповедника на духовных съездах, а потом и вовсе запретить священствовать. Поддержка положений вероучения Дж. Уиклифа и отказ от повиновения папе Римскому Григорию XII (1406–1416 гг.) в условиях схизмы в католической церкви (Григорию XII до 1409 г. противостоял антипапа Бенедикт XIII; 1394–1417 гг.) лишили Яна Гуса благорасположения Пражского архиепископа, последовал запрет проповедовать (1408 г.), подтверждённый Папским престолом. В это время в Пражском университете диспуты между сторонниками церковной реформы и приверженцами старых порядков привели к расколу по национальному признаку: сторонниками реформ, в основном, были чехи, а немецкие профессора и магистры придерживались консервативных позиций. Король Вацлав IV, свергнутый в 1400 г. с трона императора Священной Римской империи, из политических соображений поддерживал чешскую партию. В 1408 г. Ян Гус и его сторонники добились от короля изменений в порядке выборов в университете: теперь чехи получали три голоса, а немцы – один (раньше было наоборот).