Успешно закончив эту работу, Гурий Никитин был отправлен, по челобитью игумена Саввы, в Данилов переяславский монастырь для окончания стенной росписи монастырской церкви, но в июле того же года уже был вытребован в Москву для поправки стенного письма в церкви Григория Неокесарийского. В 1670 и 1671 гг. он вместе с другими ярославскими и костромскими иконописцами писал заново стенное письмо в Успенском соборе в Ростове; в 1671 г. Никитин вместе с иконописцем Силой Савиным, «как самые добрые мастера», там же написали для государя две иконы: «похвалы пречистой Богородицы полное, да собор пресвятой Богородицы полное». В 1678 г., работая в Москве при Посольском дворе, Гурий бил государю челом о своём переводе из кормовых иконописцев в жалованные; благодаря хорошему отзыву Симона Ушакова о его работах, эта просьба была удовлетворена. Последнее десятилетие жизни художника было посвящено созданию росписей церкви Ильи Пророка в Ярославле в (1680–1б81 гг.), Троицкого собора Ипатьевского монастыря в Костроме (1685 г.) и Преображенского собора Спасо-Евфимиева монастыря в Суздале (1689 г.). Эти ансамбли входят в число лучших произведений монументально-декоративного искусства второй половины XVII в. В ярославской росписи сформировался тот художественный приём, который современные исследователи называют «формулой Гурия Никитина»: решение пространства с помощью изображения прозрачного домика, видимого одновременно изнутри и снаружи. Никитин строго придерживался канона, однако в сложных композициях использовал гравюры Библии Пискаторов («Лицевая Библия»), создавая оригинальные композиции жанрового характера. В двух последних работах, которые по своему исполнению, композиции и разнообразию сюжетов считаются одним из самых замечательных произведений второй половины XVII в., Гурию принадлежала самая важная роль: он «знаменил», т.е. вычерчивал контуры всех рисунков, по которым уже доканчивали письмо другие иконописцы. Библейские фрески Никитина отличаются праздничной декоративностью, богатством символики; проступает стремление к обмирщению искусства. Гурий Никитин никогда не был женат и детей не имел. Об этом сообщает его современник, один из авторов «Повести о построении Николо-Пенской и Федоровской церквей». Описывая обстоятельства написания иконы «Федоровская Богоматерь» иконописцем Гурием Никитиным, он говорит о художнике: «Яко муж благочестив и бояйся Бога, жительствуяй в девстве даже до кончины своей». О смерти художника спустя 18 лет сообщает запись в Ландратской книге (переписи) 1709 г.: «Двор пуст иконописца Гурья Никитина, он умре во 1691 году, был бездетен». Исследователи предполагают авторство Гурия Никитина в отношении многих стенных росписей и икон, часто в виде простых догадок.